Philippe Ier, soucieux de faire la paix avec l’Eglise, promit alors de se plier aux exigences matrimoniales du pontife (de façon éphémère…) et souscrivit à son appel pour la Terre Sainte. Tous les croisés et leurs biens étaient placés sous sa protection.
En revanche, ses tentatives de rapprochement avec Byzance pour restaurer l’unité de l’Eglise restées vaines s’aggravèrent et, par la suite, le schisme fut encore renforcé par les croisades.
Le 15 juillet 1099, Jérusalem était conquise au terme d’efforts épuisants et au prix d’atrocités. La victoire sur l’armée égyptienne à Ascalon (12 août) assurait provisoirement ce premier succès.
Mais Urbain II était mort le 29 juillet à Rome sans avoir connu cet évènement.
A sa disparition, certes de nombreux problèmes importants n’étaient pas réglés. Mais la papauté et l’Eglise romaine avaient raffermi leur autorité fortifiée dans les principes grégoriens.
Urbain II aurait dû être inhumé en la basilique Saint-Jean-de-Latran où l’avaient précédé d’autres pontifes. Durant une bonne partie de son pontificat, Rome avait été aux mains des partisans de Clément III.
Urbain II n’avait parachevé la reconquête de la ville qu’en 1098. Toutefois, il semble que pour des raisons de sécurité on ait préféré la crypte vaticane pour sa tombe sur laquelle on raconte que des miracles se produisirent bientôt. Malgré ce culte et son inscription dans plusieurs Martyrologues, sa fête n’a jamais été reconnue par l’Eglise universelle qui se contenta de le béatifier en 1881.
Sa sépulture fut l’une des premières à disparaître lors des travaux de la nouvelle basilique au 16ème siècle. Si restes il y avait, furent-ils placés avec d’autres ossements dans un coffre commun ? C’est fort probable, mais depuis…