Selon son vœu, il fut inhumé en l’église Saint-François du couvent des Cordeliers de Salon.
Quand il retourna définitivement au milieu des astres, personne ne crut à sa mort dont il avait pourtant prédit la date et l’heure. Ayant l’honneur de belles funérailles, il fut inhumé (debout ?) dans l’église Saint-François du couvent des Cordeliers de Salon entre la grande porte et l’autel de Sainte Marthe. Son fils, César lui fit ériger un tombeau sur lequel on pouvait cette épitaphe latine :« A Dieu très grand. Ici, les os du très illustre Michel de Nostredame, estimé digne entre tous les mortels de décrire, suivant le cours des astres et de l’univers tout entier, d’une plume presque divine, les événements de l’avenir. « Il a vécu 62 ans, 6 mois, 10 jours et mourut à Salon en 1566. Ne jalousez pas son repos, ô vous qui viendrez après lui. Anna Pontia Gemella à son mari bien-aimé, de son vivant, a fait cette épitaphe ».
Mais la réputation de Nostradamus n’allait pas épargner à sa dépouille les aléas du temps, au contraire. Tout en étant l’objet d’une véritable vénération, la rumeur se propageant qu’il avait quitté ce monde en emportant des secrets et des trésors divinatoires,; sa sépulture fut profanée à plusieurs occasions.
Bien qu’on racontât aussi que de sa tombe il menaçait quiconque violerait son repos, la tentation était trop forte. On dit que durant la Révolution, ses profanateurs, cherchant sans doute à s’abreuver de ses dons, burent dans son crâne. Mal en prit au sacrilège qui fut fusillé quelques jours plus tard pour vol. A coup sûr, c’était une malédiction jetée par Nostradamus !