Pendant ce temps, Adèle de Champagne, qui n’avait pas apprécié l’union de son fils, travaillait à la perte de sa bru. L’apparente stérilité d’Isabelle était le prétexte idéal. Philippe II, sensible à cet argument, s’éloigna d’Isabelle qu’il assimilait au clan flamand qui lui posait des problèmes. Invoquant la raison d’Etat, le roi décida de divorcer. L’annonce officielle de cette décision à Isabelle devait être faite à Senlis.
Et c’est dans le plus grand désespoir, en chemise, nu pied, un cierge dans la main, qu’Isabelle se rendit dans la plus proche église de la ville pour prier et prier encore. Le peuple, ému, finit par former un cortège autour de la petite reine. Et bientôt toute une rumeur monta de la ville accompagnant le chagrin d’Isabelle. A ce bruit, Philippe sortit et, stupéfait, découvrit sa femme que suivait une longue supplication populaire. Bouleversé, le roi renonça au divorce. Trois ans plus tard, en 1187, Isabelle donna naissance à un fils, futur Louis VIII, puis à des jumeaux qui décédèrent en venant au monde entraînant leur mère dans leur trépas. Elle avait vingt ans.
Ne voulant pas qu’elle reposât trop loin de lui, Philippe ne la fit pas inhumer en la basilique Saint-Denis mais à Paris dans le chœur de la cathédrale Notre-Dame sous un tombeau de marbre noir.
Entre 1699 et 1714, le réaménagement du chœur de la cathédrale fit disparaître les tombeaux qui s’y trouvaient dont celui d’Isabelle qu’on retrouva en 1857/1858 lors du creusement de la nouvelle crypte des archevêques. On l’y replaça en 1863.
Ses restes furent déposés avec d’autres dans un caveau à côté du nouveau maître-autel.