Elle avait souhaité être inhumée dans le cimetière de l’institution, mais les dames de Saint-Louis de Saint-Cyr ne jugeant pas à propos de suivre son vœu d’humilité et afin que par leurs prières elles puissent donner à sa mémoire des marques plus fréquentes de leur reconnaissance, l’inhumèrent Elle demeura deux jours exposée sur son lit, « avec un air si doux et si dévot qu'on eût dit qu'elle priait Dieu » .
On l'ensevelit dans le chœur de l'église ; pas de tombeau mais une humble plaque de marbre indiquait l'emplacement où son corps reposait. C'est là que les novices allaient prier avant de se vouer pour toujours au Seigneur.
On pouvait lire cet épitaphe :
« Ici repose
Très illustre Dame Françoise d’Aubigné, Marquise de Maintenon, Dame d’Atour de Christine-Victoire de Bavière, Dauphine de France.
Aussi persévéramment que sagement chère à Louis le Grand, femme excellente au-delà de toutes les femmes de son siècle, & de plusieurs siècles précédents ; nulle autre ayant plus connue, ni moins connue. Illustre par sa naissance, plus illustre par son esprit, par la droiture de sa raison & par sa prudence ; mais surtout recommandable par sa solide vertu & par sa sincère piété ; & digne du souvenir des gens de bien. Une SECONDE ESTHER, par la manière dont elle a su plaire au roi. Une SECONDE JUDITH , par l’amour de la retraite & de l’oraison, avec ses chères filles. Plus forte que l’adversité ; supérieure à la plus haute prospérité. Pauvre au milieu des richesses, par sa libéralité envers les misérables ; humble au comble de la gloire, par son affection pour la modestie Chrétienne ; vraiment austère dans le séjour des délices & des plaisirs. Sans vengeance dans les injures & les calomnies. Elle a vécu longtemps, parce qu’elle avait une bonne mesure de bonnes œuvres à remplir. Elle a trop peu vécu parce qu’elle a laissé un grand vide dans tout ce qu’elle remplissait heureusement. Pour élever à perpétuité 250 Demoiselles pauvres, mais nobles, elle a formé une maison très magnifique, très remplie de piété, & très utile à tout le Royaume & à la Religion. Elle a voulu y vivre cachée durant plusieurs années, y mourir bien préparée, y être fort simplement inhumée, dans la vue de s’attirer, non les louanges, mais les prières de tant de bouches innocentes, pour parvenir plutôt, après sa mort, à vivre éternellement avec Dieu.
Elle est le décédée le 15 avril 1719, âgée de 83 ans. »
En janvier 1794, pendant qu'on travaillait à transformer l'église de Saint-Cyr en salles d'hôpital, les ouvriers aperçurent au milieu du chœur dévasté une plaque de marbre noir enfouie dans les décombres. Sa sépulture fut non seulement profanée mais son corps traîné sur une claie à travers les rues de St-Cyr. Des habitants de la commune, respectueux de son souvenir, rachetèrent la dépouille aux profanateurs pour l’enterrer discrètement dans le parc.
En 1802, on déterra les restes pour les mettre près des bâtiments dans la cour de l’institution.
Mais en 1811, les bâtiments étant transformés en Ecole militaire et le parc en jardin d’agrément, Mme de Maintenon fut de nouveau exhumée, ses restes placés dans un coffre et installés dans le débarras de l’économat de l’Ecole, ce qui était incontestablement davantage sa place que dans un jardin d’agrément !
Et on l’y oublia ou presque ; le coffre n’étant pas fermé, le trésorier de l’école y déroba un os en guise de cadeau pour l’un de ses proche et un potache, par bravade, croqua un bout du crâne…
En 1836, sur ordre d'Achille Baraguey-d'Hilliers, commandant l'Ecole Militaire, la dépouille fut enfin placée dans un sarcophage de marbre noir placé dans un renfoncement du chœur de l'église avec cette simple inscription : « Ci-gît madame de Maintenon, 1635-1719 ».