En janvier 1794, pendant qu'on travaillait à transformer l'église de Saint-Cyr en salles d'hôpital, les ouvriers aperçurent au milieu du chœur dévasté une plaque de marbre noir enfouie dans les décombres. Sa sépulture fut non seulement profanée mais son corps traîné sur une claie à travers les rues de St-Cyr. Des habitants de la commune, respectueux de son souvenir, rachetèrent la dépouille aux profanateurs pour l’enterrer discrètement dans le parc.
En 1802, on déterra les restes pour les mettre près des bâtiments dans la cour de l’institution.
Mais en 1811, les bâtiments étant transformés en Ecole militaire et le parc en jardin d’agrément, Mme de Maintenon fut de nouveau exhumée, ses restes placés dans un coffre et installés dans le débarras de l’économat de l’Ecole, ce qui était incontestablement davantage sa place que dans un jardin d’agrément !
Et on l’y oublia ou presque ; le coffre n’étant pas fermé, le trésorier de l’école y déroba un os en guise de cadeau pour l’un de ses proche et un potache, par bravade, croqua un bout du crâne…
En 1836, sur ordre d'Achille Baraguey-d'Hilliers, commandant l'Ecole Militaire, la dépouille fut enfin placée dans un sarcophage de marbre noir placé dans un renfoncement du chœur de l'église avec cette simple inscription : « Ci-gît madame de Maintenon, 1635-1719 ».