Au pouvoir, les deux complices arrangèrent la fin d’Edouard II. Durant trois ans, cumulant les titres et la fortune grâce à Isabelle, Mortimer, régnant en maître, suscita la jalousie et le mécontentement des barons dont certains poussèrent Edouard III à prendre son indépendance. Quelques jours avant sa majorité, le jeune roi prit le pouvoir, signant ainsi la chute du couple. Si Edouard III pouvait admettre l’invasion de l’Angleterre, il en allait autrement du sort réservé à son père et du comportement des régents par la suite.
Roger Mortimer fut emprisonné à la Tour de Londres où, entre deux coassements goguenards des corbeaux, il attendit le jugement du Parlement. Les suppliques d’Isabelle auprès d’Edouard III furent vaines. Condamné à la mort par pendaison, on désigna le "Tyburn Tree", gibet des voleurs et de toute la crapule, comme lieu d’exécution. Le 29 novembre 1330, ballotté sur une claie, aucune humiliation ne lui fut épargnée sur le chemin de son supplice ; supplice qui fut rapide et peu douloureux puisque, dit-on, la corde du bourreau, en le soulevant brusquement, lui brisa net les vertèbres.
Son lieu de sépulture et incertain. Un an après sa mort, sa veuve aurait demandé la permission de récupérer le corps inhumé chez les Franciscains de Shrewsbury pour l’enterrer dans leur domaine de Wigmore. De l’un ou de l’autre, sa tombe a disparu depuis longtemps.
Quant à Isabelle, sa plus grande punition fut de laisser le pouvoir. Elle s’installa en son château de Rising où elle mena grand train. Comme on ne refait pas sa nature, quitte parfois à s’associer avec des ennemis du roi de France, elle tenta diverses négociations dans les intérêts de d’Edouard III évincé de la couronne de France au nom de la Loi salique, privé de ses terres d’Aquitaine et obligé de prêter allégeance au roi de France. En vain. Alors, Edouard déclencha la Guerre de Cent-Ans.
Avec le temps, elle se rapprocha de la religion et abandonna sa vie luxueuse pour prendre l’habit des Clarisses. A sa mort, elle fut inhumée, vêtue de sa robe de mariage, dans l’église du monastère franciscain de Newgate à Londres. Dans le collectif populaire, elle laissait l’image d’une femme fatale, belle mais cruelle et manipulatrice.
Détruite en grande partie lors de l’incendie de 1666, reconstruite par Christopher Wren, l’église disparut pratiquement lors d’un bombardement le 29 Décembre 1940. Il ne reste rien de sa tombe.