Quatre mois plus tard, le 21 mai, Isabelle d’Aragon étaient inhumée à Saint-Denis dans un tombeau de marbre noir orné d’un gisant à l’origine polychromé.
Violé 1793, lors des grandes profanations de la basilique, on y retrouva un coffret de plomb qui fut fondu tandis que son contenu était jeté dans uns fosse commune.
Néanmoins, un miracle eut lieu : la dalle de la tombe gravée d'une épitaphe en vers ne fut pas détruite et, comme le gisant, après un long séjour au Musée des Monuments français d’Alexandre Lenoir, nous est parvenue intacte. Unique dans la basilique.
Alors que le dais de la sépulture de Philippe III se trouve à New York, celle d’Isabelle en a retrouvé un alors que depuis bien longtemps elle en était dépourvue. Or, déjà, une gravure du 17ème siècle, provenant de la collection Clairambault, une autre du 18ème siècle (collection Gaignières), et une photo des années 1950 la montrent sans cet ornement dont il ne restait que les supports. Ce rajout est-il l’œuvre de Jules Formigé, architecte en chef des Monuments historiques et qui travailla à la restauration de la basilique ?