Sa production étant de tout temps un travail d’artisan et par conséquent souvent inaccessible d’un point de vue économique, il frôla plusieurs fois la faillite à laquelle il échappa en trouvant des solutions, comme en développant des moteurs d’avions ou en construisant un tramway pour les chemins de fer français, dans les années 1930.
Très marqué par les grèves et l’occupation de son usine de 1936, ulcéré par ce qu'il tenait pour une offense personnelle, une ingratitude incompréhensible, il s’éloigna en jurant qu'il ne remettrait plus jamais les pieds dans son usine. Il déménagea à Paris et confia la gestion de l’usine automobile à Jean.
Avec le début de la Seconde Guerre mondiale, le parc de machines fut transféré à Bordeaux. Peu après Jean se tuait lors d’un accident automobile.
En 1945, Ettore se battit et gagna en justice pour récupérer son usine de Molsheim saisie par l'administration française à la Libération.
Malgré les dettes et le manque de moyen, il tenta vainement de redémarrer l’entreprise qui vivota sous la direction de fils Roland.
Epuisé, victime d’une congestion cérébrale qui aggrava sa santé, il mourut à l'hôpital américain de Neuilly-sur-Seine.
Il avait créé des objets d’art roulants, des icônes stylistiques, véritables flèches, destinées aux circuits. Ses moteurs, tout comme les autres composants techniques, séduisent aujourd’hui encore par la simplicité de leur beauté. Détenteur d'un palmarès sportif jamais égalé avec plus de dix mille victoires et trente-sept records, ses voitures de grand luxe, toutes entrées dans la légende, sont devenues des objets cultes pour les riches collectionneurs.
Le groupe Volkswagen, détenteur de la marque depuis 1998, a souhaité rester fidèle à l'esprit du concepteur en développant une activité haut de gamme.
En 1942, Ettore Bugatti avait acquis une concession dans la 97ème division du Père-Lachaise où il fut inhumé avant d’être transféré le 5 mai 1955, avec sa femme et son frère, Rembrandt dans le fief familial de Dorlisheim.
Cependant, il est encore fréquent de voir indiqué le Père-Lachaise comme lieu de sa tombe avec l'illustration de l'ancienne sépulture familiale entourée de petites bornes avec une simple stèle de granit gris gravée du nom « BUGATTI », réalisation récente due aux ayants droit.