Mis en rapport avec Mazarin, il plut à ce dernier qui l’attacha à sa maison. Il gérait la fortune personnelle du cardinal et lui demeura fidèle durant la Fronde. Sa nouvelle situation lui permis de s’offrir, en1658, la baronnie de Seignelay.
Avant de mourir, Mazarin le recommanda à Louis XIV « comme étant très fidèle » et, dès 1661, il participait à la direction des finances du royaume en qualité d’intendant. Belle fonction que voilà, sauf qu'il y avait mieux à prendre, celle de surintendant des finances de Nicolas Fouquet qu’il haïssait. Alors commença le combat pervers du besogneux contre le séducteur, de la fourmi contre une cigale qui ne vit rien venir. Perdu dans l’esprit du roi, arrêté et condamné à la réclusion à vie, Fouquet laissait la place libre à l’ennemi qui aurait bien préféré une condamnation à mort…
La charge de Fouquet supprimée fut remplacée par un Conseil des finances créé par Colbert dont il devint l’intendant. Peu à peu il accumula de multiples attributions.
Comme beaucoup d’hommes qui gouvernèrent la France au 17ème siècle, Colbert était avant tout un homme politique et non un économiste. Néanmoins, agissant sur tous les fronts, il parvint à donner une impulsion à l’économie française malgré les lacunes de son système et des résultats inégaux.
Bien que sa politique économique soit discutable, tant qu’il fut aux affaires les budgets furent à peu près maîtrisés ; les déficits ne cessèrent de s'accumuler après lui.
Parmi toutes ces créations, on lui l’Académie des Sciences (1666), l’Académie de musique et d’architecture (1669), le cabinet des Médailles, etc…
Très fatigué, ses dernières années furent attristées par la faveur grandissante du clan Louvois. En disgrâce, malade, Colbert connut alors d’atroces souffrances avant d’expirer. Rendu responsable de tous les malheurs du temps, son inhumation se fait le sir tant on craignait des mouvements populaires. Dans une période secouée par une série de crises, imposer à la nation des tâches surhumaines pour une politique de prestige et de guerre ne l’avait guère rendu populaire. De surcroît, le ministre avait amassé une fortune personnelle considérable dans laquelle le peuple voyait un signe de prévarication. Sur son passage, on insulta le cercueil.
Colbert avait été reçu à l’Académie française en 1667. A sa mort l’Académie voulut faire pour lui ce qu’elle n’avait encore fait pour un de ses membres défunts. Elle souhaita que son oraison funèbre soit prononcée dans l’église des Billettes par un membre de la Compagnie. Mais ceux des Académiciens qui étaient dans les ordres étaient déjà retenus pour l’oraison funèbre de la reine, Marie-Thérèse, morte le 30 juillet. Ne pouvant rendre au défunt leur devoir dans un lieu consacré, les Académiciens tinrent une séance extraordinaire au Louvre où les louanges du ministre furent célébrées en vers par Quinault et en prose par l’abbé Tallemant.
Jean-Baptiste Colbert fut inhumé en l’église Saint-Eustache. Son superbe mausolée avait été dressé sous l’arcade qui séparait la chapelle de la Vierge de celle de Notre-Dame-des-Vertus. Il fut dessiné par Le Brun et réalisé, en 1685 par Jean-Baptiste Tuby et Antoine Coysevox. Tuby est l’auteur de l’Abondance et d’un ange présentant au défunt un livre de prières détruit sous la Révolution ; Coysevox signa le priant et la figure de la Fidélité appelée aussi la Religion.
Colbert est revêtu du manteau de l’ordre du Saint-Esprit. La Fidélité se tourne vers lui avec une expression chargée de regrets tandis qua l’Abondance regarde vers le sol en signe de renoncement.
En décembre 1793, le mausolée fut transporté par fragments jusqu’au musée des Monuments français d’Alexandre Lenoir. Il retrouva sa place à Saint-Eustache, dans la chapelle de la Vierge, en 1817. Ses restes, profanés sous la Révolution, furent jetés dans une fosse sauf peut-être les jambes qui seraient, dit-on, toujours à Saint-Eustache.
Dans ce même tombeau reposait son fils, Jean-Baptiste Antoine Colbert de Seignelay (1651 – 1690) qui succéda à son père au poste de secrétaire d’Etat à la Marine. Son petit-neveu, le maréchal de Maillebois, fut également inhumé dans l'église.