Confronté dès son élection aux conséquences d’Anagni, comme le roseau, le pape préféra plier en annulant l’excommunication de Philippe IV et annuler les procédures engagées par son prédécesseur contre le roi de France. Il plia mais ne rompit pas : il refusa tout geste en faveur de Nogaret, instigateur de l’attentat, et de ses complices italiens, les Colonna. Le gain de sa position fut maigre : Philippe IV continua d’exiger la condamnation de Boniface VIII ; quant aux Colonna, ils le contraignirent à se réfugier à Pérouse.
Mort trop tôt, on ne sait s’il aurait pu résoudre ce problème et d’autres comme la division des franciscains, la crise du parti guelfe à Florence, etc.
Sa disparition fut si brutale qu’on soupçonna Nogaret de l’avoir fait trépasser avec des figues empoisonnées. Si rien n’ait jamais venu étayer cette hypothèse, d’une façon plus générale l’empoisonnement n’est peut-être pas à exclure.
Décédé à Pérouse, Benoît XI fut inhumé dans la basilique Saint-Dominique de la ville.
Son mausolée, œuvre de Nicolas Pisano, fut transporté en 1700 du chœur dans le transept gauche.