L’origine de son nom
Dérivé du mot chargre du Latin carcer, le mot chartre était autrefois un synonyme de prison.
- Soit ce surnom provient de la proximité de la prison de l’île de la Cité
- Soit il émane de la tradition faisant subir à saint Denis la détention et la torture dans cette "cinquième" station avant son martyre à Montmartre. Une crypte sous la chapelle était considérée comme sa prison.
L’origine de cette église est toujours restée obscure. Néanmoins, il semble vraisemblable que dès les premiers temps du Christianisme, les Parisiens avaient dû édifier une chapelle en l’honneur de saint Denis, sur l’emplacement qu’elle occupait.
Selon la tradition, saint Denis serait arrivé de Rome par la voie antique située au midi de Paris. Sur cette route, il s’arrêta à trois endroits différents aux lieux où s’élevèrent plus tard les églises Notre-Dame-des-Champs, Saint-Etienne-des-Grès et de Saint-Benoît. Dans la Cité deux chapelles lui furent consacrées comme ses quatrième et cinquième stations : Saint-Denis-du-Pas et Saint-Denis-de-la-Chartre qui conservèrent jusqu’à la Révolution leurs anciennes dispositions et vocables. Quoiqu’il en soit, la première constatation de son existence avec son vocable remonte à 1014.
En 1143, Louis VI le Gros avait résolu d’installer une abbaye de femmes en haut de la butte Montmartre (► Abbaye de Montmartre). Le terrain envisagé appartenant à l’abbaye de Saint-Martin-des-Champs, le roi céda en échange l’église Saint-Denis-de-la-Chartre et ses dépendances à l’abbaye. Dès lors le prieuré appartint à l’ordre de Cluny sous le patronage de Saint-Martin-des-Champs. Durant plusieurs siècles, le prieuré ne cessa de défendre ses intérêts financiers contre la gourmande abbaye. Des siècles de transactions et de chipotages entre prieurs, moines et marguilliers au rythme de sentences royales tentant de rétablir l’ordre...sans vraiment toujours y parvenir car le moine était contestataire...
En 1618, la paroisse fut transférée à Saint-Symphorien. Il ne lui restait plus qu’un seul religieux pour desservir l’église. Pour palier à la situation catastrophique, un arrêt du Conseil prescrivit l’envoi d’autres moines et, en 1624, Charles de Berland, aumônier du roi et ancien agent général du clergé en France, prit possession de tous les locaux à demi ruinés en partie à cause des crues de la Seine dont il était tout proche.