L’église, l’une des plus vastes de Paris, qui s’ouvrait sur la rue de l’Observance (act . rue Antoine Dubois) n’avait rien de remarquable mais pouvait rivaliser avec celle des Jacobins St-Jacques pour les tombes royales qu'elle renfermait. Elle possédait ceinture de vingt chapelles fermées par des grilles en bois ou en fer dont une bonne partie servait de sépulcre à quelques grandes familles ou à des confréries. En dehors de leur clôture, les Cordeliers possédaient plusieurs maisons mises en location.
Les désordres des moines exigèrent souvent des réformes qui ne s'effectuèrent pas sans résistance. Bien que protégé par le roi et le pape, la communauté commença à décliner au 17ème siècle.
Au 18ème, son caractère de collège, qui avait eu une si grande importance durant cinq siècles et d’où étaient sortis des papes et cardinaux, avait presque disparu.
Ses revenus avaient considérablement diminué et le petit nombre de religieux présent n’avaient plus les ressources à l’entretien des bâtiments.
A la Révolution le couvent fut supprimé et le fameux club des Cordeliers, créé notamment à l'instigation de Danton, vint s’installer dans la salle du chapitre de 1791 à 1794 (3 sur le plan). En 1794, une partie des bâtiments fut attribuée à Ecole de santé. La Chambre des Comptes conserva la partie supérieure du réfectoire pour ses archives, une partie des bâtiments conventuels furent transformés en caserne et sa bibliothèque accueillit les ouvrages qui avaient appartenu à d’autres congrégations supprimées. L’église fut démolie en 1795.