Devenu lieu de réunion de l’association, les confrères affichaient leur volonté de solidarité et d’entraide et leur souhait de former un corps soudé autour d’une cause charitable commune. Mais c’était aussi un moyen manifester en commun leur foi lors de fêtes qui participèrent à la construction d’une identité de métier et à son intégration religieuse dans la société de la fin du Moyen Âge. Le fait de posséder une église permettait une autonomie par rapport à la paroisse et mettait en valeur, non seulement la piété de la confrérie, mais aussi ses moyens financiers, puisqu’il était coûteux d’entretenir pareil établissement.
Bien évidemment, comme dans toutes les communautés, les siècles apportèrent leurs lots de difficultés internes et avec d’autres clergés pour le contrôle de l’église.
Dans le cadre de cette lutte, la plus grande complication vint des Pères de la Doctrine chrétienne. Suite à une sentence de l’official de Paris en 1642, ces derniers prirent possession de l’église en 1644 avec rattachement du revenu de l’hôpital. A coup de procès devant le Parlement et le Conseil d’Etat, donnant l’avantage à l’une ou l’autre des communautés, le match entre elles dura jusqu’en 1720 (!), date à laquelle les ménétriers furent maintenus dans leurs droits à Saint-Julien.
D’autres conflits éclatèrent entre la corporation les musiciens de l’opéra, les compositeurs, les instrumentistes les plus en vue, etc.
Lors de la suppression des confréries (1776) Louis XVI tenta, lui aussi, de récupérer le contrôle de l’église pour la confier à l’Académie de danse, puis le curé et le chapitre de Saint-Merry eurent des visées sur la chapelle pour la transformer en charnier. La Révolution régla définitivement le problème. En décembre 1789, la confrérie fit don à la nation de leur église qui, vendue en février 1792, fut abattue peu après.
Quant à l’intérieur de l’édifice, excepté, un très beau Christ du grand-autel de la main de Le Brun, selon des contemporains, l’intérieur de l’édifice n’offrait rien de remarquable, voire était « très vilain ».
En 1900, à l’occasion de l’exposition universelle, le dessinateur Albert Robida (1848-1926) réalisa une reconstitution d’une partie du Paris médiéval avec la chapelle Saint-Julien dont il fit des cartes postales colorées.