Fils de Jean Ier, il était jeune adolescent lorsque son père fut fait prisonnier en 1415 à Azincourt. Il ne le revit jamais. L’année suivante, il présida le conseil de régence, mais, après la chute des Armagnacs en 1418, il dut se soumettre à Jean sans Peur, duc de Bourgogne, dont il épousa la fille, Agnès. Nommé gouverneur du Languedoc en 1421, où il fait quelques campagnes contre le comte de Foix, il devint commandant général du Lyonnais en 1423. Il mena un convoi de secours vers la ville d'Orléans, mais qui échoua (journée des Harengs). Après la délivrance d'Orléans par Jeanne d'Arc, il combattit les Anglais, mais fut mal soutenu par Charles VII , si bien qu’il se retira à Moulins dans son duché de Bourbonnais. Il parvint à persuader son beau-frère Philippe III de Bourgogne de lâcher l'alliance avec les Anglais pour se rapprocher du roi de France.
Devenu duc de Bourbon à la mort de son père il fut un prince mécontent du pouvoir royal et soutient les révoltes du dauphin, le futur Louis XI. En 1434, il devient grand chambrier de France. En 1428, l'état de ruine de la prieurale de Souvigny avait conduit Charles à élire sépulture dans le couvent des Célestins de Vichy, qui avait été fondé par son aïeul Louis II, dont il voulait exalter la mémoire et l'œuvre. En une période politique troublée et financièrement difficile, il trouvait à Vichy un moyen d'associer à sa sépulture une œuvre pieuse récente de sa famille.
Au travers de ce choix, Charles manifesta une évidente volonté d'humilier les Bénédictins de Souvigny qui, dès lors, s’activèrent pour restaurer le prieuré et à y faire revenir les Bourbons, en les intéressant à leurs projets et en réédifiant une demeure digne d'accueillir leurs sépultures.La chapelle « vieille », encombrée par plusieurs sépultures, dont celles de certains des enfants de Charles, affichait complet. Charles fit construire la vaste chapelle neuve qui manifestait dès l'extérieur de l'église la présence de sa sépulture par le déploiement de ses armes et de ses emblèmes. Cette commande, qu’il ne vit pas achevée, lui permettait de tenir son rang parmi les autres princes du sang, mais servait surtout à l'accroissement du culte divin, acte méritoire en vue du salut.
Son tombeau, oeuvre de l'artiste lyonnais Jacques Morel, est conservé au musée du Pays de Souvigny.