Au début du 17ème siècle, les habitants des cultures réparties entre l’enceinte de Paris et le village de Charonne ne disposaient que de l’église de ce village et de l’église Saint-Paul dans Paris qui étaient fort éloignées. Pour remédier à la distance, à l'insécurité, et au mauvais état des chemins, le curé de Saint-Paul, Antoine Fayet, fit construire à ses frais, en 1627, une chapelle dédiée à sainte Marguerite dans le faubourg Saint-Antoine.
En 1634, la chapelle fut érigée en église succursale de l’église Saint-Paul avant de devenir église paroissiale en 1712 par le cardinal de Noailles, archevêque de Paris.
Elle fut agrandie à plusieurs reprises entre 1637 et 1680. En 1703, on construisit la chapelle de la Communion et, en 1762/1764, sur des plans de l'architecte Louis Victor, celle des Ames du Purgatoire, décorée de grisailles en trompe-l'œil par Paolo Antonio Brunetti (1723-1783).
Entre les colonnes, dix sculptures allégoriques évoquent : les descendants d’Adam, la jeunesse, l’agonie, la vieillesse, les brièvetés de la vie, la fragilité du bonheur,la philosophie chrétienne, les honneurs, les richesses et la pauvreté).
A ce vaste mementomori, le fond de la chapelle oppose l’espérance du salut promis aux fidèles illustrée . par le tableau « Le Passage des âmes du Purgatoire au Ciel » de Gabriel Briard (1725-1777). Des anges viennent sortir les âmes du Purgatoire pour les mener vers le bonheur céleste. Aucun saint n’intervient, la prière des fidèles jouant le rôle d’intercession.
Du plus bel effet, l’éclairage de l’autel provient d’une ouverture vers l’extérieur se situant au-dessus du tableau. Ce procédé baroque, inventé par Le Bernin, est invisible aux visiteurs,.