Malgré la facture très convenable d’éléments de son mobilier, excepté un tableau offert par Mazarin représentant la Naissance de la Vierge à l’auteur non identifié, les chefs-d’œuvre ne se bousculaient pas. Le chœur était rempli par « une quantité immense de stalles gothiques d’une sculpture très délicate avec plusieurs figures grotesques ». Il était surtout meublé de tombes royales ou seigneuriales avec gisants et dais « gothiques ».
Un jubé le séparait de la nef. L’orgue, « assez beau », était considéré comme l’un des meilleures de Paris.
Parmi ses chapelles, on notera surtout :
- La chapelle du Rosaire à gauche du chœur dont elle était séparée par une grille surmontée des armes de France et de celles de saint Dominique. Les épitaphes qui y furent retrouvées s’échelonnent de 1326 à 1730.
- La chapelle Saint-Thomas d’Aquin ou des Bourbons parce que les premiers princes de cette maison y avaient établi leur sépulture.
Avec le temps, la règle s’était beaucoup relâchée et, au 16ème siècle, le couvent dut recevoir des Jacobins de la réforme de Hollande. Mais refusant cette réforme de Sébastien Michaelis, celui-ci fonda, en 1611, un nouveau couvent, les Jacobins de la rue Saint-Honoré, privant d’autant ceux de la rue Saint-Jacques d’aumônes et de généreuses donations.
En 1780, l’état de délabrement des bâtiments était tel qu’une ordonnance du lieutenant général de Police enjoignit les religieux d’abandonner leur cloître et leur église.
Dix ans plus tard, à la Révolution, la vingtaine de religieux encore présente quitta les lieux. Sur ordre de l’Assemblée nationale, ceux qui n’avaient pas abandonné l’habit ou rejoint leur province d’origine intégrèrent le Noviciat général des Jacobins de la rue du Bac.
Dans les écoles, on établit des dépôts de mendicité et ateliers de charité pour femmes. L’église subit des aménagements intérieurs et fut distribuée en compartiments et en étages pour servir d’écoles gratuites destinées aux garçons.
Son cloître servit un moment de salle de danse.
D’une façon plus générale, l’église et les bâtiments, qui servirent de maison de détention, d’écoles publiques et de casernes, furent démolis de 1800 à 1849 au profit des rues Soufflot, Toullier, Victor-Cousin et Cujas.
Pour mémoire, ce ne fut pas couvent, mais celui des Jacobins Saint-Honoré qui donna son nom au club des Jacobins sous la Révolution.