En 1618, l’impératrice Anne ordonna, par testament, la fondation d’un couvent capucin à l’intérieur des murs de Vienne, devant servir de sépulture pour elle et son époux, l’empereur Matthias. Commencés en 1622, les travaux prirent fin en 1633, date à laquelle Anne et Matthias prirent place dans la crypte.
En commandant une première extension, l’empereur Ferdinand III créa la nécropole de la dynastie des Habsbourg. La crypte fut ainsi agrandie huit fois depuis sa fondation.
La modestie du lieu n’est en aucun cas comparable avec notre basilique Saint-Denis. Malgré cela, on se surprendrait presque à l’envier : aucun événement n’étant jamais venu perturber le repos des résidents, on déambule dans un vrai « cimetière à empereurs ».
A défaut de profanateurs, l’humidité de l’air attaque les cercueils d’étain qui finissent par souffrir de la corrosion et qui pourraient être atteints par la peste de l’étain. Pour palier à ce problème, de gros travaux d’assainissement ont été effectués.
Le générique « crypte impériale » couvre un ensemble de dix cryptes dont sept portent le nom d'empereurs et d'une impératrice autour desquelles sont réunies leurs parentèles directes. La "Toscane" doit son nom à la lignée secondaire des Habsbourg-Toscane qui régnèrent sur le grand-duché de Toscane.
Véritable témoignage de plus trois siècles d’histoire autrichienne et européenne, la crypte peut aussi se regarder comme un monument d’art historique, reflet du caractère éphémère humain. C'est là que reposent, entre autres, les parents de Marie-Antoinette, l'impératrice Marie-Louise - seconde épouse de Napoléon Ier - l'impératrice Sissi, son fils Rodolphe, etc.
Aujourd’hui, la crypte abrite les restes mortels de cent-quarante-six personnes dont ceux de douze empereurs et de dix-sept impératrices. A l’exception de la comtesse Fuchs-Mollard, dame d’honneur de l'impératrice Marie-Thérèse et éducatrice des enfants de l’empereur Charles VI, toutes ces personnes appartiennent à la maison des Habsbourg seule habilitée à donner l’autorisation d’une sépulture en ce lieu.
Selon la même tradition en vigueur pour les souverains, princes, hauts dignitaires, etc. de France, les corps des Habsbourg étaient vidés de leurs cœurs et entrailles lors de leur embaument. Mais, alors qu’en France un choix personnel fixait le lieu de sépulture des cœurs et entrailles les éparpillant en fonction des lieux à honorer, la plupart de ceux des Habsbourg furent respectivement rassemblés dans un même lieu : les cœurs dans l’église des Augustins et les entrailles dans la cathédrale Saint-Etienne, ces deux édifices se situant à proximité de l’église des Capucins.