A la Révolution, vers la fin de 1792, les Chartreux encore présents quittèrent leur maison devenue bien national. Par un décret de septembre 1793, elle fut en partie transformée en fabrique de poudre et salpêtre.
Très populaires par leur bienfaisance et leurs vertus, donnant à dîner le vendredi à tous les pauvres qui se présentaient, pendant cinq siècles, la chartreuse de Vauvert conserva la sympathie des Parisiens.
Puis, en deux grandes étapes, et en moins de soixante-dix ans, le souvenir de leur présence allait se réduire à la seule rue des Chartreux percée sur leur ancien domaine.
Néanmoins, ouvrons une parenthèse : le jardin du Luxembourg, dont l’histoire fut toujours liée à celle de la chartreuse, a conservé et perpétue une tradition émanant des Chartreux : celle des serres et du jardin fruitier. Tout commença vers 1650 lorsqu'un habitant de Vitry, alors l’un des très rares endroits où était pratiqué l'art de former et d'élever les arbres fruitiers, décida de se retirer chez les Chartreux. Très vite en charge d’élever de jeunes arbres fruitiers pour la consommation des moines, grâce au talent du frère Alexis, la pépinière gagna en réputation permettant la commercialisation des fruits.
Passés les ravages de la Révolution et de nombreuses difficultés, elle devint une Ecole d’horticulture en 1809 qui, malgré bien des obstacles, s’affirma et existe toujours.
Revenons à première étape sonnant la destruction du couvent et ses suites qui datent de 1798 quand on prescrivit :
-le percement d’une avenue destinée à relier en ligne droite le Luxembourg à l’Observatoire et de deux rues obliques, dites rues de l’Est et de l’Ouest (rue d'Assas).
-l’aménagement de tout le terrain entre ces nouvelles voies en pépinières et autres établissements utiles à l’agriculture. La destruction du couvent commença peu après.
Lorsque les travaux de remblai eurent mis l’avenue de l’Observatoire au même niveau que le jardin du Luxembourg, l’avenue de l’Observatoire fut plantée de rangées d’arbres (1810).
L’ancienne pépinière du couvent, que l’on avait notablement agrandie, subsista ainsi que le bâtiment de la Pompe et le portail extérieur du couvent qui, vers 1830, servit d’entrée au jardin botanique de la faculté de médecine. Le reste fut réuni au jardin du Luxembourg.