Pendant longtemps les personnes décédées à l’Hôtel Dieu de Paris furent inhumées soit au cimetière des Innocents, où cet hôpital possédait un terrain particulier dit « le parterre », soit, depuis 1350, au cimetière de l’hôpital de la Trinité.
Ce dernier devant fermer, les administrateurs de l’Hôtel-Dieu et de la Trinité achetèrent, en 1672, dans le faubourg Saint-Marcel, trois maisons, avec jardins et dépendances, qu’ils remplacèrent par un vaste cimetière qui fut ouvert le 12 janvier 1673.
Ce fut le cimetière de Clamart, ainsi nommé parce qu’il occupait un terrain pratiquement en face (de l’autre côté de la rue) des anciens jardins de l’hôtel de Clamart du 16ème siècle.
Limité par les actuels bd St-Marcel, rues du Fer-à-Moulin (anc. des Morts puis de la Muette), Scipion (anc. de la Barre) et Fossés-St Marcel (anc. du Fer), ce cimetière fut alors le plus grand de Paris, bien plus vaste que ne l’était alors le cimetière des Innocents.
Cimetière des déshérités par définition, sauf une petite chapelle, il ne renfermait aucun monument, aucun tombeau, pas ou peu de sépultures individuelles, mais des fosses communes. C’est là que l’on enterra, à partir de 1673, toutes les personnes décédées à l’Hôtel-Dieu dont les familles ne pouvaient assurer les frais d’inhumation au cimetière des Innocents (265 par an vers 1763).
Lorsqu’un malade décédait, un bref service funéraire pouvait être fait à la chapelle que l’Hôtel-Dieu possédait depuis 1655 sur la rive gauche, l’actuelle église Saint-Julien-le-Pauvre, avant d’être acheminé jusqu’au cimetière de Clamart. Le nombre de morts était conséquent. Sans cercueil, cousus dans une serpillière, les corps étaient empilés sur un chariot traîné par deux hommes : « …un prêtre sale et crotté, une cloche, une croix, voilà tout l’appareil… ». Ce lugubre chariot partait tous les jours de l’Hôtel-Dieu à quatre heures du matin et roulait dans le silence de la nuit. On fonction de la mortalité on pouvait compter jusqu’à quatre voyages dans une journée. Dans les fosses, les enfants étaient placés entre les jambes des adultes.
Pour s’exercer, les jeunes chirurgiens escaladaient les murs du cimetière et enlevaient des cadavres pour s’exercer à la dissection. Malgré l’aspect abandonné et sinistre du lieu, la populace l’envahissait le jour de la fête des morts.
L’Hôtel-Dieu autorisa d’autres hôpitaux à utiliser son cimetière. Ainsi, le 20 octobre 1780, accorda-t-il à l’hôpital Sainte-Catherine une bande de terrain pour que les « Catherinettes » puissent inhumer leurs morts et qu’elles ne pouvaient plus enterrer au cimetière des Innocents qui venait de fermer.