L’ordre de Saint-François connut trois réformes notamment au 16ème siècle : les Capucins (1528), les Picpuciens (Pénitents du tiers-ordre de Saint-François) (1594), et la réforme des Cordeliers de l’étroite observance ou Récollets qui, bien que proposée dès 1496, ne parvint en France qu’en 1582.
En 1598, le général de l’ordre consentit à un établissement à Paris et, vers 1600, des religieux demeurèrent un certain temps au Sépulcre rue Saint-Denis, puis au faubourg Saint-Martin dans l’ancienne rue Saint-Laurent (act. Rue du Fg-St-Martin) presqu’en face de l’église Saint-Laurent. Là, un marchand tapissier et sa femme leur prêtèrent d’abord, puis leur donnèrent une grande maison avec jardin (déc. 1603). En janvier 1604, Henri IV leur octroyant le droit de s’installer, ils firent immédiatement construire une petite chapelle consacrée en fin d’année suivante par Léonard de Trappes (1558-1629) évêque d’Auch. Le roi donna une grande pièce de terre labourable contiguë au terrain déjà possédé. De nouveaux bâtiments furent construits, reconstruits ou agrandis : dortoirs, réfectoire, salle du chapitre, etc. L’ensemble du domaine, bâtiments et jardins, était clos de murs.