Depuis Alaric en 410 jusqu’à Totila en 546, la basilique fut victime des pillages des Barbares.
Après mille ans d’existence et en dépit de multiples restaurations et d’embellissements la basilique de Constantin menaçait ruine.
►La nouvelle basilique…en bref
Au total, des premiers travaux aux derniers, plus de cent vingt ans s’écouleront, dix architectes œuvreront et vingt papes régneront.
En 1452, la pape Nicolas V décida d’intervenir. Mort trois ans plus tard, ses projets disparurent avec lui et durant une cinquantaine d’années ses successeurs se contentèrent de consolider l’antique édifice.
En 1503, Jules II « le pape-ouragan » décida d’une transformation radicale qu’il confia à l’architecte Bramante dont le projet en croix grec avait été retenu. La première pierre du nouvel édifice fut posée le 18 avril 1506. Une grande partie du transept et de l’abside de l’ancien fut abattue.
Après les morts de Jules II en 1513 et de Bramante l’année suivante, le plan ne cessa d’être remis en question. On tergiversa pendant une trentaine d’années jusqu’à ce que le pape Paul III confie le travail à Michel-Ange qui conserva le projet de Bramante en forme grec. Après sa mort en 1564, ses plans furent appliqués et la réalisation du projet terminé en 1593.