En 1792, vinrent se rajouter des dépouilles provenant d'édifices religieux vendus comme biens nationaux, sans que cette liste soit exhaustive :
En provenance de l’abbaye de Clairlieu (Meurthe-et-Moselle)
-Duc Mathieu (1176) et Berthe de Souabe
En provenance de l’abbaye de Beaupré (Meurthe-et-Moselle)
-Ferry III de Lorraine (1251-1303)
-Ferry IV de Lorraine, dit le Lutteur (1328), et Elisabeth d’Autriche son épouse
-Raoul de Lorraine, dit le Vaillant (1346), mort à la bataille de Crécy
En provenance de l’église des capucins de Varangéville (Meurthe-et-Moselle)
-Eric de Lorraine (1576-1623), évêque de Verdun
-Henri de Lorraine, marquis de Moy (1596-1672) frère du précédent
-François de Lorraine (1599-1672), évêque de Verdun frère des précédents
-Louis, comte de Chaligny, neveu d’Eric de Lorraine
Répit de courte durée puisque toutes les sépultures ducales et princières furent violées en décembre 1793, et leurs dépouilles jetées pêle-mêle dans une fosse au cimetière de Boudonville à Nancy.
En 1826, une fois l’église et la chapelle ducale restaurées, on exhuma les restes du cimetière qu’on rassembla dans plusieurs cercueils. Déposés à la cathédrale de Nancy, le 9 novembre, en une ultime pompe funèbre à travers les rues de la ville, on les ramena dans le caveau au décor d’une extrême simplicité.
Ce fut aussi l’opportunité de réunir des vestiges de tombeaux de la famille et de proches dispersés dans la région, exposés dans l’église. Depuis, le sanctuaire est devenu l’emblème de la mémoire ducale et de l’histoire de la Lorraine.
Dans les années 1930 (1939 ?), lorsque l’église et la chapelle ducale furent intégrées au périmètre du Musée lorrain, la crypte fut restaurée. On y trouva quatorze cercueils vermoulus avec des plaques de cuivre portant les noms et qualités des défunts.