Cette église fondée vers 1036 avait une origine assez curieuse que rapporte l'auteur des Curiosités de la Cité de Paris : une jeune vierge appelée Marine, résolut d'embrasser la vie monastique ; elle prit un habit d'homme et entra dans un couvent, où elle se fit nommer frère Marin.
L'office ordinaire de frère Marin était d'aller aux provisions à la ville, avec un chariot traîné par des boeufs et il passait souvent la nuit dans la maison du seigneur de Pandoche, dont la fille devint grosse par le fait d'un soldat. Forcée par ses parents d'avouer l'auteur du crime, elle accusa frère Marin qui se laissa chasser du couvent pour conserver son secret, garda l'enfant qu'on lui remit, le nourrit, comme s'il eut été le sien ; les moines touchés de ses malheurs, lui permirent de rentrer au monastère. On ne reconnut la vérité qu'à la mort de cette fille qui fut inhumée avec pompe, et mise au rang des saintes.
Ce fut probablement pour ces raisons qu'on célébrait dans l'église Sainte-Marine les mariages forcés par ordonnance de l'official de Paris. Lorsqu'il était prouvé que deux concubins vivaient ensemble, on les forçait à se marier et le curé de Sainte Marine leur passait au doigt un anneau de paille.
Dédiée à la Vierge des bateliers par les nautes du 11ème siècle, elle était la plus petite paroisse de Paris.
Elle fut fermée à la Révolution et transformée en atelier pour une raffinerie de sucre, en mag asin de teinture puis en atelier de menuiserie avant d’être démolie en 1866.
Elle ne possédait pas de cimetière.
Parmi les personnes inhumées, on notera surtout la sépulture de: