En 1326, David, évêque de Murray en Ecosse, légua les ressources nécessaires pour que quatre pauvres écoliers de son diocèse puissent venir étudier à Paris. Mais, lorsque dans la suite de l’Angleterre, l’Ecosse dut amorcer sa réforme religieuse à partir de 1560, elle rompit avec la papauté, et fut contrainte d’adopter la confession calviniste. Privés d’évêques du diocèse de Murray, à partir de 1573, ce fut donc l’évêque de Paris qui disposa des places vacantes du collège écossais.
Vers la même époque, voulant former des ecclésiastiques capables de soutenir et défendre la foi catholique expirante en Ecosse, et conserver intacte cette religion dans le cœur des jeunes Ecossais réfugiés, Jacques Beaton, archevêque de Glasgow et ambassadeur de France de Marie Stuart, acheta puis légua aux étudiants la maison où ils demeuraient et différents biens. De même, il obtint du pape Grégoire XIII (1580) que les évêques de Paris et de Meaux leur confèrent la prêtrise. Ainsi put être fondé le séminaire pour les Ecossais (1603). Le collège, jadis fondé par l’évêque David, lui fut réuni en 1639. Les étudiants devaient être catholiques, nés d’un mariage légitime, écossais de père et de mère, et suffisamment instruits pour suivre les cours et se destiner à l’état ecclésiastique.
En 1662, Robert Barclay, principal du collège, acheta un emplacement sur les fossés Saint-Victor et y fit bâtir une maison qui rassembla, sous un même toit, la double destination de séminaire et de collège. Les travaux s’achevèrent 1672 avec la chapelle, dédiée à saint André patron de l’Ecosse.