L'église souffrit des aménagements du 19ème siècle. Entre autres, il fallut adapter la hauteur de la nef pour y installer la copie du Jugement dernier de Michel-Ange faite à Rome en 1833, par Xavier Sigalon (1788-1837) Les boiseries anciennes de l'entrée furent achetées en Belgique par le ministre Adolphe Thiers. Une balustrade, inspirée de la chapelle Sixtine, sépare le vestibule de la nef.
Aujourd'hui , l'église contient une remarquable collection de moulages de la Rennaissance italienne et française et des pièces du Moyen âge. Art à part entière, la copie, surtout de peintures, est enseigné depuis le 17ème siècle.
Bon nombre des oeuvres copiées présentes proviennent d'envois de Rome.
La chapelle de la reine Margot, point d'origine de l'église, coiffée d'une coupole, à double coque, inspirée de celle de Sainte-Marie-des-Fleurs signée Brunelleschi, fit sensation à sa construction. Elle n'est plus visible ques des toits de l'Ecole. La peinture ancienne du plafond a été conservée. Les copies d'oeuvres de Michel-Ange, particulièrement mis à l'honneur dans l'église, sont regroupées dans cette chapelle.
Malheureusement, les nombreuses expositions ou réceptions qui s'y déroulent dégradent à chaque fois un peu plus, ce petit musée d'art exceptionnel.