Les tombes mérovingiennes
Jusqu’au invasions des Normands au 9ème siècle, les habitants qui se groupèrent auprès de l’abbaye primitive disposèrent d’un cimetière, le cimetière Saint-Pierre-Saint-Paul qui dut être assez important puisque des tombes mérovingiennes furent découvertes, dès le 16ème siècle rue Descartes, puis plus tard rue Cujas, rue Clovis et rue Laplace dans laquelle furent trouvés, en 1909, 63 sarcophages du 6ème siècle. Tous avaient violés depuis longtemps.
En effet, la richesse des sépultures franques fut une cause des violations de sépultures au cours d’une période s’étendant de Clovis Ier à Charlemagne. Les morts étaient alors vêtus de leurs plus riches vêtements et portaient leurs armes et bijoux, coutume qui ne fut supprimée qu’en 800 par un concile.
Déjà, en 1628, le cardinal de la Rochefoucauld avait fait modifier les dispositions générales de la crypte qu’on atteignait par deux escaliers qui, en approchant du sol de la crypte, déviaient vers le centre pour donner accès à une galerie semi-circulaire qui conduisaient aux chapelles basse ainsi qu’à la partie centrale. Les voûtes étaient supportées par des piliers et des colonnes. Au milieu de cette église souterraine, et directement au-dessous du maître-autel, s’élevait le cercueil de sainte Geneviève. Il était vide puisque ses reliques étaient conservées dans une châsse située derrière l’autel principal de l’église abbatiale. Un monument en pierre contenait ce cercueil et des grilles scellées entre les colonnes protégeaient l’ensemble du tombeau. Auprès de lui, dans deux niches latérales, on trouvait les monuments de saint Céran et saint Prudence, évêques de Paris. Dans une chapelle on trouva une sépulture non identifiée.
Sa démolition, en 1807, par l’administration des Domaines, et la construction de la rue Clovis furent l’occasion d’une campagne de fouilles. On trouva 32 sarcophages déjà ouverts et spoliés par les Normands ; les squelettes enfermés, couverts d’une couche de magnésie, tombèrent en poussière quand on les toucha.