La Commanderie fut supprimée dès 1790 et le lieu de culte fermé en 1792.
L’ensemble fut vendu par morceaux, en particulier lors des grandes adjudications du 17 germinal an XII (7 avril 1804) et du 21 août 1812. En 1823, l’église perdit son abside. L’année suivante, ce qui restait de la bâtisse servit d’école pour les très jeunes enfants.
L'enceinte de l'ancienne commanderie était devenue un véritable cloaque tout encombré de cabanes sordides, de vieilles maisons,hautes et basses, aux murs suintants et aux exhalaisons méphytiques. A part quelques industries ou petits commerces, ces repaires ténébreux, sorte de frontispice initiatif aux misères du faubourg St-Marcel, étaient habités par une population indigente.
Dès les premières années du règne de Napoléon III, tout le secteur fut compris dans le périmètre des destructions qui, avec le percement de la rue des Ecoles, devaient permettre le « dégagement » du Collège de France, le tracé de nouvelles voies, et, à l’exception des quelques rares immeubles, la reconstruction d’un nouveau quartier. Le reste du secteur ne disparut pas aussi vite : l’irremplaçable Recueil des Réserves Domaniales du géomètre Auguste Bernard (Paris, 3e édition, 1897) mentionne des jugements d’expropriation d’avril 1858, d’août 1860, et, à la veille de la guerre franco-allemande de 1870, un document iconographique montre que cette entreprise de démolition-reconstruction n’était pas encore achevée.
Quelques éléments architecturaux sont de nos jours conservés au musée de Cluny - musée national du Moyen Âge : fragments de piliers et chapiteaux, etc., ainsi que quelques éléments funéraires.
Y furent inhumés, entre autres…
C’est dans la chapelle Notre-Dame-de-Bonne-Nouvelle que l’on trouva le plus d’épitaphes qui s’échelonnent de 1378 à 1671 auxquels s’ajoutent deux fragments qui dateraient du 13e siècle.
Excepté la présence de James Beaton et du cœur de Jacques de Souvré, on ne trouve trace d’aucune personnalité remarquable. La majorité des personnes inhumées dans l’église étaient des religieux de l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem dont le souvenir est perdu depuis bien des siècles au point que parfois, à défaut d'épitaphe, on ignore tout du personnage.
Je n’ai trouvé aucune information concernant le cimetière accolé à l’église et dont le grand axe correspond aujourd’hui à la rue de Latran. De façon traditionnelle dans ce cas, il servit probablement pour des paroissiens, vivant ou pas dans l’enclos, des employés au service de la commanderie, etc.