En s’inspirant de la règle écrite par sainte Claire (1194 – 1253), et conseillée par saint Bonaventure
(v. 1220 – 1274) ministre général des Franciscains et d’autres frères, Isabelle composa elle-même une règle, un peu moins sévère que celle de sainte Claire, approuvée par Alexandre IV. Bonaventure prêcha plusieurs fois à Longchamp et rédigea un traité de vie spirituelle dédié à Isabelle : De Perfectione vitae ad sorores (La vie parfaite, pour les sœurs). Le monastère fut consacré à « l’humilité de la Bienheureuse Vierge Marie ».
La vie exemplaire d’Isabelle, sa mort à l’abbaye, les miracles qui eurent lieu par la suite sur sa tombe, la faveur des rois, notamment celle de saint Louis puis de Philippe V le Long qui y décéda, en firent une abbaye très en vue à Paris. En outre, son recrutement était exclusivement nobiliaire jusqu’au début du 14ème siècle, moment où les familles les plus respectables de la bourgeoisie parisienne parvinrent, non sans mal, à forcer ses portes. Fallait-il encore que les familles des postulantes soient issues du milieu parlementaire ou des finances…
Malgré la bienveillance royale, pendant longtemps les revenus de l’abbaye ne permirent pas toujours sa rénovation ou son embellissement aux moments appropriés. La guerre de Cent Ans, celles de Religion, la Fronde, qui virent souvent les religieuses se réfugier dans Paris, fit davantage souffrir non seulement les bâtiments, mais aussi les religieuses qui, parfois, n’échappèrent à la faim que grâce à nourriture apportée par leurs parents. Il fallut attendre le début du 16ème siècle pour que soient réalisés des réparations convenables et de nouveaux aménagements.
Bien qu’Isabelle eût institué une règle un peu sévère que celle de sainte Claire, le confort n’était pas de mise. On dormait sur des paillasses et en dortoir qui, de concession en concession, devinrent matelas confortables et chambres individuelles. Au fil du temps, les adoucissements de la rigueur disciplinaire entraînèrent un relâchement progressif de la règle. Avec l’arrivée de pensionnaires, la vie à l’abbaye, au 16ème siècle, cessa peu à peu d’être exemplaire au point de vue de la vertu et de l’humilité, ce qui, petit à petit, mena à la déchéance de l’abbaye en défrayant la chronique galante : pour un parisien, « être de l'abbaye de Longchamp » signifiait qu’il aimait les femmes…