Après les campagnes d’Italie et d’Egypte, commandant du quartier général des Tuileries, il appuya le coup d’Etat du 18-Brumaire. Reconnaissant, Bonaparte lui confia le commandement de la garde consulaire.
Victorieux aux combats de Montebello, Marengo, Austerlitz, Iéna et Ulm, il fut de nouveau grièvement blessé à Pulstuk lors de la campagne de Pologne. Rétabli, on le vit encore à la prise de Dantzig, à Friedland où il commandait le centre.
Fait maréchal de France en 1804, il reçut le titre de duc de Montebello en 1808 et partit pour l’Espagne où, après avoir défait l’armée régulière espagnole, il reçut la capitulation de Saragosse le 21 février 1809.
Et pourtant cet homme d’une bravoure extraordinaire forçant l’admiration, entraîneur d’hommes, ayant sur le champ de bataille ce coup d’œil vif et déterminant que Bonaparte lui a reconnu, détestait la guerre qu’il faisait si bien. Il avait horreur de son spectacle : « Je crains la guerre, le premier bruit de la guerre me fait frissonner...On étourdit les hommes pour mieux les mener à la mort ».
Rappelé à l’armée d’Allemagne après l’Espagne, il cumula plusieurs victoires avant d’en arriver à sa dernière bataille. Pendant les combats d’Essling, il résista aux Autrichiens toute la journée du 21 mai 1809. Le feu ennemi était si nourri et les troupes si exposées qu’on entendit le maréchal murmurer en parlant de l’Empereur : » ce foutu bougre de Bonaparte nous y fera tous passer ! » Il ne croyait pas si bien dire : le 22 mai, un boulet lui broyait la cuisse. Sa rotule gauche était brisée, les os sont fracassés, les ligaments, déchirés et les tendons, coupés. L'artère poplitée était rompue. Quant à la jambe droite, elle avait le jarret déchiré. Transporté à Kaiser-Ebersdorf à 5 kms de Vienne, le chirurgien Dominique Larrey dut l’amputer. Après quelques jours d’un état satisfaisant laissant penser à sa survie, il fut pris de fièvres et de délires et personne ne put le sauver de la gangrène qui s’était déclarée. Très affecté, le 29 mai, Napoléon passa un peu de temps au chevet de son ami agonisant qui lui inspira ces mots : « Je l’ai pris pygmée, je l’ai perdu géant ». Lannes mourut le 31 mai.
L’Empereur, sincèrement affligé, fit embaumer son corps. En attendant son retour solennel sur Paris, la dépouille de Jean Lannes fut déposée dans une sorte de caveau dans les sous-sols de l'hôtel de la mairie de Strasbourg, avant de prendre plusieurs mois plus tard, le chemin des Invalides.
Son cœur fut inhumé dans le caveau familial au cimetière de Montmartre.
Le 6 juillet 1810, date anniversaire de la bataille de Wagram, sa dépouille prit le chemin du Panthéon :
« cent mille personnes se recueillent entre les Invalides et le Panthéon pour rendre un hommage grandiose à l'un des plus grands soldats de Napoléon: le maréchal Lannes, duc de Montebello, dont le nom, jusqu'à sa mort au combat, fut associé à toutes les victoires du Consulat et de l'Empire, et qui fut sans conteste le plus charismatique et le plus aimé de l'armée et du peuple ».
Jean Lannes repose seul dans un caveau qui lui est spécifiquement dédié. Des médaillons, à droite et à gauche de son tombeau, rappellent dix des grandes batailles auxquelles il participa, y compris celle d'Essling où il trouva la mort. Jean Lannes était aussi prince de Siévers. De tous les maréchaux d'Empire, dont bon nombre furent inhumés au cimetière du Père-Lachaise, Lannes est le seul à avoir sa tombe au Panthéon.