En 1954, il fut reçu haut la main à son agrégation d’histoire et, en 1956, entra au CNRS afin d'entreprendre des recherches sur la Révolution française.
Devenu un spécialiste du 18ème siècle, Furet marqua, par son ouvrage La Révolution française (1965) une rupture épistémologique majeure dans la recherche historique sur cette période : en défendant l'idée d'une révolution des élites qui aurait « dérapé » en 1793, il prit à contrepied les théories admises par les historiens « marxistes » pour lesquels la Révolution était une expression de la révolte des masses populaires.
Marqué par la nouvelle histoire, il s'attacha à définir de nouveaux objets pour l'histoire, notamment la manière de penser le politique
Conseiller d'Edgar Faure après mai 1968, il fut aussi en parallèle journaliste à France-Observateur, futur Nouvel Observateur.
En 1975, il intégra l'EHESS (Ecole des hautes études en sciences sociales) où il mena la majeure partie de sa carrière. Il en fut le président de 1977 à 1985, date à laquelle il partit aux États-Unis pour enseigner, notamment à Chicago. Ces activités en Amérique du Nord lui valurent de recevoir un diplôme honoris causa de l'université Harvard.
Toutes ses activités lui permirent d'élargir son champ de recherches et de réflexions. De nombreux prix, dont le prix européen des Sciences sociales et le prix Hannah Arendt de la pensée politique en 1996, récompensèrent la variété et le volume de ses travaux.
Mais s’il y a un ouvrage à retenir parmi tous, ce serait Le Passé d'une illusion (1995), -allusion à l'ouvrage de Sigmund Freud, L'Avenir d'une illusion- essai sur l'idée du communiste au 20ème siècle dans lequel il retrace «la mythologie de l'URSS et du communisme dans l'opinion en général ». Dans sa préface, Furet, qui fut un militant du PCF au plus fort de la période stalinienne, considère que lui aussi a fait partie des « illusionnistes-illusionnés qui ont bâti le mirage du communisme ».
De nouveau les prix couronnèrent cette publication : le prix du livre politique, le prix Chateaubriand et le Grand Prix Gobert de l'Académie française où il fut élu le 20 mars 1997.
Malheureusement, il mourut quatre mois plus tard des suites d'une chute survenue lors d'un match de tennis. Sa disparition l'empêcha d'être officiellement reçu à l'Académie française.
François Furet fut inhumé dans le petit cimetière de Saint-Pierre-Toirac où il possédait une résidence.
Sur sa tombe, un simple mot : "Historien".