En 1880, sa conscience de bon catholique lui interdisant de participer à l’application des décrets-lois sur les congrégations voulus par Jules Ferry, il démissionna.
Il se consacra alors à l'Histoire et rédigea de nombreux ouvrages de grande ampleur parmi lesquels : Histoire de la Seconde République française (2 volumes, 1886) ; Histoire du Second Empire (7 volumes, 1894-1906) ; Histoire religieuse de la Révolution française (5 volumes, 1909-23) ; Martyrs et Apostats sous la Terreur (1793-1794) (1934), etc.
Son travail reconnu lui valut d’être élu à l’Académie des sciences morales et politiques en 1907, puis à l’Académie française en 1914.
Pierre de La Gorce fut inhumé dans le cimetière de Verchocq qui entoure l'église du village, dans cette terre du Pas-de-Calais qu’il avait connue si jeune et qu’il n’avait jamais vraiment quittée.
Il repose auprès de sa femme dans une chapelle familiale, seule chapelle ancienne du petit cimetière, où le rejoignit plus tard son fils.