Procureur de Lisieux, il fut détaché en tant que conseiller technique en avril 1994 auprès du ministre djiboutien de la Justice pour effectuer des missions de coopération.
Le 19 octobre 1995, son corps calciné fut retrouvé « par hasard » par une patrouille de la gendarmerie française en contrebas d’un ravin à 80 kms de Djibouti. Selon la version des autorités djiboutiennes, accréditée dans un premier temps par la France, Bernard Borrel s’était suicidé en s’immolant par le feu.
En 1996, à la suite d'une information judiciaire (autopsie, etc.), la justice française n’eut d’autre choix que de requalifier les faits en assassinat mais le secret-défense est maintenu malgré la demande sa levée depuis des années par Mme Borrel.
L’affaire serait liée à celle de Joseph Ferrayé, inventeur des systèmes d’extinction et de blocage révolutionnaires des puits de pétrole qui ont maîtrisé en trois mois au lieu de six à huit ans les 1164 puits explosés en 1991 lors de la guerre entre l'Irak et le Koweït.
Joseph Ferrayé : « Je sais qui a tué le juge Bernard Borrel. En 1991 je révolutionnais les techniques de maîtrise des puits de pétrole en feu par l’invention d’un double système d’extinction et de blocage. Aussitôt que j’en eus déposé les brevets (extinction ; blocage), mon système fut détourné par de hauts responsables français et internationaux, pour être frauduleusement appliqué au Koweït puis vendu aux pays producteurs de pétrole et produire, en toute illégalité, des centaines de milliards de dollars de revenus, blanchis à travers diverses banques et sociétés disséminées dans le monde, des comptes collectifs étant affectés aux commissions et rétrocommissions des hauts responsables d’Etat et de leurs acolytes. L’histoire de ma condamnation à mort et de celle du juge Borrel commence là.
Depuis 1995, afin d’empêcher la clôture de l’instruction, Mme Elisabeth Borrel, elle-même magistrate, continue son action auprès des gouvernements français successifs. Si quelques documents parviennent à sortir du dossier secret-défense, on est encore bien loin de l’élucidation officielle de l’affaire et du jugement des responsables…
Bernard Borrel fut inhumé dans le caveau familial du cimetière ancien de Frouzins. Au pied de la tombe, une plaque rappelle l’intégrité de l’homme sans agiter son repos par les circonstances de sa disparition.