Il avait déjà commencé à se démarquer du pré carré rock et de la chanson quand tout bascula enfin en 1980 avec la sortie Gaby oh Gaby au texte surréaliste témoignant de l’esprit novateur de l’artiste qui, s’il n’emporta pas toujours l’adhésion de tous, n’en devint pas moins une personnalité majeure du rock français ce que vinrent confirmer un autre de ses immenses succès, Osez Joséphine (1991), et deux Victoires de la musique (1993).
Des séries de concerts plus tard, il se fit plus rare. Afin d'obtenir à chaque fois une œuvre puissante et cohérente, il peaufinait les structures et les harmonies, soignait la sonorité de ses disques et étudiait avec minutie les textes de son auteur Jean Fauque.
En dix ans de galère et trente ans de succès, il ne cessa de se renouveler et de repousser les limites du rock français. Entouré de fidèles collaborateurs ou renouvelant les talents, plusieurs fois récompensé par des Victoires de la musique, dont la dernière en 2008, de la fantaisie mystérieuse à une atmosphère plus sombre, il sut prouver que textes audacieux et intelligents peuvent aussi se conjuguer avec la réussite commerciale.
Parallèlement, il se consacra à sa carrière de comédien commencée en 1981 : Ma sœur chinoise (1994) d'Alain Mazars, J'ai toujours rêvé d'être un gangster (2008), de Samuel Benchetrit, …
Atteint d’un cancer des poumons, il quitta la scène à la fin de sa dernière tournée en juillet 2008.
Après ses obsèques en l’église Saint-Germain-des-Prés, Alain Baschung fut inhumé au cimetière du Père-Lachaise où sa tombe est visible du grand rond-point Casimir Perier. La découpe de sa pierre tombale rappelle les sillons des disques vinyles.