Le 2 mai 2000, soit presque cinq cents ans après sa mort, ils découvrirent dans les ruines de l’église trois tombes dont l'une contenait les restes de Córdoba. Dans cette pile d’ossements s’inscrivait toute l’histoire de la conquête espagnole, de ses rebellions, trahisons et de ses meurtres.
Le corps sans tête reposait dans une tombe anormalement grande confirmant ainsi la réputation de « géant » de Córdoba.
A côté de lui, d’autres ossements qui pourraient bien appartenir à Pedrarias Dávila mort en 1531 à León à l’âge d’environ quatre-vingt-onze ans.
Les restes d’Hernández Córdoba furent extraits de sa sépulture et, escorté par une guarde militaire d’honneur, emmenés pour une tournée à travers tout le pays.
Puis, on les enterra dans une crypte aménagée spécialement près de l’église où il avait reposé si longtemps.
Quant aux os de Pedrarias Dávila, ils furent portés jusqu’au Musée national en attendant une authentification grâce à des tests ADN possibles en les comparant avec ceux de ses descendants connus. Je ne sais si cela fut fait.