Il se lança dans des réformes mais, malgré tous ses efforts, il ne réussit pas à supprimer le schisme oriental ni à rétablir la paix entre la France et l’Angleterre.
Il désirait un retour à Rome. Toutefois, sa lucidité l’emportant face à la contestation des cardinaux, il resta à Avignon et fit construire le premier palais pontifical aux allures monastiques, faisant de la ville la résidence « officielle » de la Papauté. Furieux, Pétrarque le qualifia "d'indigne et ivrogne timonier de l'Église."
D’une intégrité à toute épreuve, Benoît XII s’entoura de collaborateurs remarquables qui, grâce à une excellente gestion, surent remplir les caisses du Trésor apostolique. Cette économie saine permit au pontife de venir en aide aux déshérités avec une efficacité rarement atteinte.
Rongé par la gangrène, Benoît XII voyait ses forces décliner. Il laissa des instructions à son trésorier pour la construction de son tombeau, le chargeant de traiter avec l’imagier Jean Lavenier pour un mausolée sur le modèle de celui de Jean XXII.
Selon sa volonté, il fut inhumé dans la cathédrale des Doms. Une chapelle spéciale fut construite par Michel Ricoman et financée par son successeur Clément VI. Le manque d’entretien et les profanations révolutionnaires firent pratiquement disparaître sa sépulture. Le tombeau actuel est composé de diverses pièces provenant du monument élevé au cardinal Jean de Cros.