Pierre aurait été inhumé dans le cimetière du Vatican, à proximité de son lieu de supplice.
Le premier document attestant de la présence de sa sépulture est un célèbre passage de Gaïus conservé grâce à l'historien Eusèbe. Celui-ci, dans son Histoire ecclésiastique, rapporte la polémique de ce docte prêtre romain avec Proclus, membre de la secte hérétique montaniste, dans les dernières années du 2ème ou les premières années du 3ème siècle.
Pour affaiblir l'autorité de l'Église romaine, Proclus exaltait la présence en Asie Mineure de la tombe de l'apôtre Philippe et d'autres grands personnages de la chrétienté primitive. Gaïus répliqua avec force :
« Mais moi, je puis te montrer les trophées des saints apôtres. En effet, si tu veux te rendre au Vatican ou sur la voie d'Ostie, tu trouveras les trophées de ceux qui ont fondé cette Église ».
Gaïus parle de « trophées ». Dans ce contexte polémique qui oppose ces trophées à des insignes tombes d'Asie Mineure, on ne peut réduire la signification de ce terme à de simples monuments commémoratifs.
Si l’on en croit un apocryphe du 2ème siècle, un sénateur romain, Marcellus, l’aurait descendu de sa croix et l’aurait inhumé dans sa propre tombe. Comme rien n’est venu étayer ce fait, ni même l’existence de ce Marcellus, c’est donc la première version qui l’emporte depuis bientôt deux mille ans.
De surcroît, cette version, présente au moins l’avantage de voir se recouper la tradition et les découvertes archéologiques.
En 324, l’empereur Constantin, qui avait adopté la religion chrétienne, fit ériger un sanctuaire là où la dépouille avait été déposée. Pour se faire, il fit araser le cimetière romain. Or, les Romains avaient un tel respect des morts qu’il fallait un motif très sérieux pour qu’ils acceptassent.
Saint Pierre était-il donc bien là ? Deux ans plus tard, l’édifice fut consacré. Avec les siècles, il deviendra la basilique Saint-Pierre que nous connaissons.
Avant les fouilles effectuées au Vatican, sa sépulture était aussi attestée aux catacombes de Saint- Sébastien. Alors ?
En 258, les chrétiens, persécutés sous Valérien, craignant une profanation de la sainte tombe auraient déplacé les restes de Pierre de sa sépulture initiale pour les mettre à l’abri à Saint-Sébastien qui, n’étant pas encore une propriété de l’Eglise, éloignait les soupçons. Ceci aurait peut-être pu se faire vers 160. Ce ne serait que vers 336, la liberté de culte étant assurée, que les reliques auraient été rapportées au Vatican.
Grâce aux fouilles venues attester des écrits anciens, on sait qu’il existait une nécropole située au nord du cirque du Vatican dont elle était séparée par une route secondaire : la via Cornelia.
Comme toutes les victimes martyrisées à cet endroit ou à proximité, Pierre put y être inhumé.
La découverte de la tombe
En 326, le pape Sylvestre Ier consacra le sanctuaire érigé par Constantin. A l’époque, la Confession (crypte qui abrite le tombeau d’un martyr, en l’occurrence saint Pierre) n’était pas entièrement souterraine permettant aux fidèles de s’approcher de la tombe grâce à une baie ouverte.
A la fin du 6ème siècle le pape saint Grégoire le Grand fit rehausser le chœur sous lequel il logea la Confession.
Les siècles superposèrent des strates de constructions s’imbriquant les unes dans les autres faisant disparaitre la Confession.