Un mois plus tard, les électeurs des trois ordres de la ville demandèrent à siéger à l'hôtel de ville et à participer à la gestion de la cité. Estimant cette exigence illégale et soutenu par le ministère de Jacques Necker, Flesselles refusa. Mais, le 25 juin, sous la pression publique, il fut contraint d’accepter une nouvelle demande et autorisa douze de ces électeurs à se joindre à la municipalité en place.
En ce mémorable 14 juillet, où l’on cherchait à s’armer, Flesselles crut intelligent d’indiquer aux chefs de districts parisiens des entrepôts d’armes qu’il savait parfaitement vides. Mais, quand la Bastille fut prise et son gouverneur massacré, on trouva sur ce dernier une lettre de Flesselles qui lui recommandait de tenir bon dans l’attente de renforts.
Accusé de connivence avec la Cour, il réussit malgré tout à retarder le mauvais sort qui l’attendait en prétextant avoir les justificatifs de son attitude à son domicile. Néanmoins il fut décidé de le mener au Palais royal pour y être jugé. Il n’était alors l’objet d’aucune violence, mais en sortant de l’Hôtel de Ville, un jeune homme hurla « Traître tu n’iras pas plus loin » et le tua d’un coup de pistolet. Ce fut la curée. On coupa sa tête qu’on promena dans Paris plantée en haut d’une pique, avec celle de Launay, avant de l’exposer à la morgue.