Néanmoins, elle fut enfermée au château de Dourdan où elle bénéficia des égards dus à son rang. On était loin du châtiment réservé aux deux coupables.
Jeanne, hurlant son innocence, attendait l’issue de son procès. Défendue âprement par sa mère et par son mari qui lui avait pardonné sa conduite, le Parlement l’acquitta. Libérée au bout de quelques mois, elle retourna à la cour où elle fut accueillie sans réticence. En 1316, elle devint reine de France auprès de Philippe avec lequel elle formait un couple uni.
A la mort de son époux (1322), elle continua à garder une attention constante pour son Comté de Bourgogne.
En ce glacial mois de janvier, Jeanne se rendait en Artois dont elle héritait après la mort de sa mère intervenue deux mois tôt. Faisant halte à Roye-en-Vermandois elle fut soudainement prises de maux violents après avoir, semble-il, absorbé un gobelet de vin de Claret. Empoisonnée la reine Jeanne ? On ne saura jamais. Ceux qui assistèrent à son agonie racontèrent « que le venin lui coulait par les yeux, la bouche et le nez, et que son corps devint tout taché de blanc et de noir » Elle trépassa en à peine deux jours.
Jeanne de Bourgogne ne fut pas inhumée en la basilique Saint-Denis mais au couvent des Cordeliers. Son tombeau fut profané à la Révolution. Rien n’en fut conservé. On pouvait y lire cette inscription