Alors Marguerite, dans l’inconscience de sa jeunesse et des conséquences de ses actes, prit un amant, Philippe d’Aulnay. Elle ne fut pas seule à céder à la tentation. Sa belle-sœur Blanche se laissa séduire par le frère de Philippe, Gauthier, tandis que son autre belle-sœur, Jeanne, tenait, si je puis dire, la chandelle.
Selon un chroniqueur, elles auraient été dénoncées par Isabelle de France, fille de Philippe IV, qui aurait reconnu à la ceinture des frères Aulnay des aumônières offertes aux jeunes femmes. Réalité historique ou pas, elles furent bien convaincues d’adultère, évènement que l’histoire a retenu comme le scandale de la tour de Nesle supposée abriter leurs ébats amoureux.
Au 15ème siècle, naissait la légende selon laquelle une reine de France aurait fait de cette tour un lieu de débauche d’où elle jetait ses amants à la Seine, cousus dans un sac.
Le danger faisant partie du jeu, amoureuses, trop assurées de ne pas êtres découvertes, le plaisir qu’avaient pris ces jeunes écervelées était loin d’être anodin. Sous la torture, les Aulnay avouèrent une liaison remontant à trois ans.
Certes il y avait l’honneur bafoué des princes ce qui déjà se pardonnait difficilement mais, pire que tout, elles avaient pris le risque d’être enceintes d’enfants adultérins mettant ainsi en péril la lignée royale ce qui relevait du crime d’Etat.
Peu enclin à la compréhension et à l’attendrissement, malgré les suppliques de Marguerite, Philippe IV la fit enfermer dans la forteresse de Château-Gaillard (Eure) dans des conditions de vie terribles.
Philippe IV mourut et Louis lui succéda sous le nom de Louis X.
Dans son cachot, Marguerite attendait. On peut imaginer que la mort de son beau-père avait dû la réjouir et lui permettre de nourrir quelques espoirs sur l’amélioration de sa condition car, malgré sa situation misérable, elle était dorénavant reine de France. C’est précisément ce titre qui, peut-être, au lieu de la sauver la condamna selon une hypothèse née d'historiens du 17ème siècle qui envisagèrent son assassinat avec l’accord tacite de son époux ou sur son ordre.
Mais, selon les chroniqueurs du temps, elle mourut un an après son incarcération de mort naturelle, liée au froid, à la misère physique de la détention et à la maladie
Une chose est sûre, Marguerite était bien encombrante pour un roi qui souhaitait convoler avec Clémence de Hongrie et procréer un héritier. La brusque disparition de la femme adultère tombait à point nommé.
Marguerite était-elle affiliée à l’ordre séraphique ou avait-elle manifesté avant de mourir le souhait d’être inhumée dans le sanctuaire du monastère le plus proche des moines franciscains ? Quoiqu’il en soit les Pénitents d’Hergival, près de Vernonnet, vinrent chercher sa dépouille qu’ils déposèrent sur un bateau pour l’amener à sa dernière demeure à quelques boucles de la Seine de là.
Marguerite de Bourgogne fut inhumée dans le couvent des Cordeliers de Vernon, peut-être dans Chapelle Sainte-Catherine-du-Mont ou dans la salle capitulaire, où ils lui réservèrent des funérailles dignes de son rang comme l’atteste Geoffroi de Paris :
« A Vernon fut enseveli
Son Cors, chez les frères Menors
Qui lui firent assez d’onnors ;
Sa sépulture noblement
Firent et molt dévotement ».
Détruit en partie à la Révolution, les derniers vestiges du couvent disparurent en 1869. Il ne subsiste rien pour nous indiquer où était sa tombe et quel aspect elle avait.