Sa carrière universitaire se déroula à deux reprises à Paris (1252-1259 ; 1269-1272), dans plusieurs villes italiennes et se termina à Naples en 1274.
Professeur par excellence, Thomas mena une intense activité de commentateur de la Bible, d’Aristote, du pseudo-Denys, des Sentences de Pierre Lombard. Son enseignement provoqua de vives controverses de la part des théologiens en place nourris d’un augustinisme où la nature était dépréciée et la raison suspecte…
Or, si Thomas refusait la rupture entre la connaissance chrétienne et la profane, il tenait au principe de l’autonomie de la raison contre la tutelle abusive de la théologie. L’enjeu était donc capital. En optant résolument pour la pensée d’Aristote, Thomas s’affranchissait de l’enfermement augustinien pour instaurer une nouvelle économie des rapports entre la raison et la foi, la théologie et la philosophie, qui devaient s’imposer au cours des siècles. Avec une admirable sûreté d’esprit, il posait les bases sur lesquelles il construisait la théologie comme science. Ainsi s’affirmait une théologie de la création dans le temps et dans l’histoire.
On imagine aisément le remue-ménage que créa cette révolution de pensée en cette époque.
La fortune de la philosophie de Thomas d’Aquin (thomasisme) ne se fit pas sans à-coups et son adoption par l’Ordre dominicain se heurta à bien des résistances. Elle subit des condamnations et la concurrence d’autres enseignements.
Avec les systèmes des jésuites qui s’interposa, à quelques réserves près, le thomasisme ne brilla guère durant les 17ème et 18ème siècles. Le renouveau s’amorça en Italie au 19ème siècle et fut officialisé par une encyclique du pape Léon XIII en 1879 avant de s’épanouir par des recherches historiques approfondies tant en théologie qu’en philosophie.
De son œuvre immense, deux ouvrages sont principalement à retenir :
- La Summa contra gentiles (Somme contre les gentils), présentation d’ensemble de la foi chrétienne contre les philosophies païennes,
- Et surtout Summa theologiae (Somme théologique), qu’il laissa inachevée, monumental et magistral exposé de la foi, un des maîtres livres de la théologie catholique.
Thomas enseignait à Naples quand il fut convoqué comme théologien à un important concile se tenant à Lyon. Bien que malade, il accepta de faire ce long voyage. Sur le chemin, son état empirant, il s’arrêta chez des parents, dans la région d’Aquino.
Sentant la mort approcher, il demanda qu’on le conduise dans un couvent car il désirait mourir dans une maison religieuse. La plus proche étant l’abbaye de Fossanova, son père abbé le reçut chaleureusement et lui céda même sa propre chambre. Il y mourut peu après.
Saint Thomas d'Aquin fut d'abord inhumé dans l'église abbatiale de Fossanova.