Par la suite, Germain combattit le pélagianisme en Grande-Bretagne en compagnie du futur saint Loup de Troyes. Le christianisme l’emporta. Rien que de très normal, puisque, comme il le fut rapporté plus tard, Germain égrenait aussi sa route de miracles. Plus sérieusement, sa force de conviction fut l’une des clés de la réussite de son début d’évangélisation chez les Bretons.
Auréolé d’une flatteuse réputation qui dépassait de loin son diocèse, les Armoricains firent appel à ses compétences pour les sauver d’Aetius et du roi Goar. Pour la première fois, un évêque s’opposait à un roi pour éviter une guerre. Il alla défendre le dossier à Ravenne où l’impératrice Galla Placida entérina la paix que le prélat avait négocié avec Goar. Ce fut son dernier voyage. Germain tomba malade et mourut à Ravenne.
On rapporte que tout le long du chemin qui ramenait sa dépouille à Auxerre, ce ne fut qu’une gigantesque procession qui ne prit fin qu’à ses funérailles le 22 septembre.
Peut-être lors d’un pèlerinage, Germain avait obtenu quelques ossements des saints Bris et Maurice qu’il avait placés dans deux nouveaux lieux de culte, l’un en Puisaye et l’autre au nord du castrum d’Auxerre. Selon sa volonté Germain fut inhumé dans l’oratoire de sa villa qui protégeait les reliques de saint Maurice. Cette inhumation rompait avec l’ancienne tradition de sépulture dans la nécropole au sud de la ville.
Au siècle suivant, la reine Clotilde fit édifier une abbaye sur l’emplacement de la sépulture de saint Germain dont le corps connut plusieurs translations dont une au 11ème siècle. Devenue lieu de pèlerinage, la crypte d’origine trop petite fut reconstruite sous les Carolingiens qui s’efforcèrent d’ériger un bel écrin pour la tombe du saint près de laquelle se créa la nécropole des évêques de la cité.
Découverte dans les années 1950, sous les aménagements du 18ème siècle, la crypte carolingienne est, à ce jour, considérée comme la plus ancienne existante de cette époque en France.
L’abbaye connut plusieurs pillages et destructions faisant disparaître les restes du saint. Néanmoins, on peut encore voir son sarcophage présumé, élevé au-dessus d’un sol au pavement du 11ème siècle, réalisé à partir de marbres antiques.
La mémoire de saint Germain d'Auxerre se retrouve dans des noms de communes ou d'édifices religieux placés sous son patronage, comme l'église Saint-Germain-l'Auxerrois à Paris.