Agés d’environ sept et dix ans, Théodobald et Gunther furent cruellement assassinés à coups de scramasaxe. Seul Clodoald réussit à s’enfuir. Clotilde, effondrée, déposa « les deux petits corps dans un cercueil, elle les suivit accompagnée d’un grand chœur de chantres et avec une immense tristesse » jusque la basilique des Saints-Apôtres où reposait Clovis.
Elle avait beau être robuste moralement, le meurtre de ses deux petits-enfants l’avait brisée. Dégoûtée du monde, elle termina pieusement ses jours à Tours près du sanctuaire de saint Martin.
Un imposant cortège transporta son corps à Paris où ses fils, Childebert et Clotaire, la déposèrent près de son époux dans cette crypte devenue familiale (sa fille Clotilde l'y avait aussi précédée) où elle aurait pu traverser les siècles tranquillement comme son époux si elle n’avait pas été canonisée relativement peu après sa mort par Pélage Ier, pape de 556 à 561.
Au début, on se contenta de la vénérer sur place. Puis les invasions normandes du 9ème siècle obligèrent les Parisiens à transporter la châsse de Clotilde dans un endroit plus sûr. Ils la confièrent au château de Vivières dans l’Aisne. Sous saint Louis, ses restes partirent pour l'abbaye de Valsery, sauf sa tête et un bras qu'on offrit comme reliques à Vivières développant son culte resté populaire dans cette localité. Par la suite, les ossements de Valsery revinrent à Paris.