En 1901, à Atuona, sur l'île de Hiva Oa, il lui semblait être au paradis. Il déchanta rapidement en se rendant compte des abus des autorités sur les indigènes dont il prit la défense. Affaibli, il était fatigué de lutter. Le matin du 8 mai, il fit appeler un pasteur. Malgré ses douleurs, il semblait heureux de discuter. Le pasteur le quitta.
A onze heures, l'ami de Gauguin, Tioka, plus fidèle et affectionné que ses domestiques, vint le visiter. Selon la coutume polynésienne, il annonça son arrivée en appelant : « Koke, Koke ». Ayant attendu en vain la permission d'entrer, il monta l'escalier et découvrit Gauguin étendu sur le rebord du lit, une jambe pendant à l'extérieur.
S’étant assuré de son décès, Tioka entonna alors une lamentation funèbre. Sur la table se trouvait une petite fiole vide. Gauguin a-t-il pris une dose trop forte de laudanum ? Ou s'agit-il d'une fiole vide depuis longtemps ? Nous n'en savons rien.
Bientôt la petite chambre fut pleine de curieux plus ou moins sincèrement affligés. L’évêque aussi était là pour s’assurer que Gauguin, catholique par le baptême, n'irait pas dans la tombe comme un païen. La réglementation en vigueur prescrivait l'inhumation dans les 24 heures. Le lendemain, on déposa sa dépouille dans un cercueil grossier fabriqué en hâte qu’on mena dans la terre rouge et volcanique du cimetière catholique sur la colline de Hueakihi, au-dessus d'Atuona. D’une façon générale Gauguin ne laissait pas un bon souvenir.
A l'exception des quatre fossoyeurs, une seule personne prit la peine de gravir la pente abrupte dans la chaleur du jour.
L’administrateur de ses biens conclut que le passif excéderait de beaucoup l’actif et que les quelques tableaux du défunt, peintre décadent, avait peu de chance de trouver amateur…
Peintre majeur du 19ème siècle, l'ensemble de son œuvre allait influencer l'évolution de la peinture du 20ème siècle, notamment le fauvisme et les Nabis.