Nommé chef de section aux Archives nationales (1831), il put à loisir étudier les documents historiques. Il conserva ce poste jusqu’en 1852, date dont il en fut destitué pour avoir refusé de prêter serment à Napoléon III. Maître de conférence à la faculté de lettres, son auditoire ne cessa ne grandir avec sa nomination au collège de France et son élection à l’Institut (1838). Parallèlement, il poursuivait ses travaux. S’opposant à la conception de l’historien Augustin Thierry, Michelet appréhendait l’histoire de France comme une biographie qui doit s’étudier comme on se penche sur la vie d’une personne qui est chère et qu’il faut revivre soi-même si on veut une œuvre valable. Et ce fut cette méthode qui orienta toute l’œuvre de Michelet et lui donna une résonnance unique et pittoresque malgré les erreurs d’appréciation et d’interprétation qu’elle contient.
Car sa méthode intuitive, qui fit son succès, le fit aussi côtoyer les dangers dont il n’a pas toujours su se préserver : emporté par ses émotions, il lui suffisait d’être en désaccord avec un sujet ou un personnage pour s’enfoncer dans le taillis des suppositions ou de synthèses non justifiées sans compter la déformation due à des idées prophétiques.
Néanmoins, son poste aux Archives nationales lui permis de s’appuyer sur des documents la plupart inédits qu’il dépouillait en ayant le sentiment exaltant de récréer tout un monde.
Malgré d’autres publications en marge de son Histoire de France, celle ci resta au centre de sa vie avec un autre morceau d’anthologie l’Histoire de la Révolution, une œuvre plus personnelle mal accueillie des critiques mais qui, beaucoup plus tard, atteignit le peuple dont il se considérait comme l’éducateur social.
En annexe, il fit paraître d’autres ouvrages sur la période révolutionnaire. Interrompue depuis 1843 il reprit son Histoire de France jusqu’à son édition complète (1869).
Entre son travail majeur vinrent s’intercaler des séries d’ouvrages lyriques chantant aussi bien la nature que la femme idéale dont la faiblesse les relégua à l’oubli.
Bien qu’avançant en âge, Michelet n’avait pas perdu le goût des grandes entreprises : en 1871, il commença une vaste fresque sur l’Histoire du XIXe siècle.
Malgré les défauts de son œuvre, sujette à de nombreuses controverses justifiées, celle-ci lui a survécu et reste une des réussites les plus étonnantes de l’historiographie qui le mena à être le premier représentant de l’historicisme en France.
Jules Michelet décéda à Hyères (Var) où il fut d’abord inhumé. En 1876, sa dépouille prit solennellement le chemin de Paris où des funérailles officielles lui furent organisées avant de reposer au cimetière du Père-Lachaise sous un monument signé Antoine Mercié, le montrant couché tandis que Clio, muse de l’Histoire, veille à son chevet.