Une fois libéré, il quitta la Terre Sainte avec le plus gros des croisés le 10 août, distribuant ses joyaux à ceux qui restaient.
De retour en France, en attendant celui du roi resté en Syrie pour organiser les défenses franques, il gouverna le royaume aux côtés de sa mère, Blanche de Castille, déclinante. À la mort de celle-ci (1252), il lui succéda à la régence du royaume où il fit preuve de ses qualités d’administrateur.
Au retour de Louis IX (1254), tout en conservant une forte influence dans le gouvernement royal, il se consacra à l’administration du Languedoc y promulguant des ordonnances de réformations qui servirent de modèle à la grande ordonnance royale sur les baillis et sénéchaux. Continuant l’œuvre de son beau-père, il aurait fondé une quarantaine de bastides, souvent placées en hauteur ou au passage de rivières, destinées à « faire frontière » aux Anglais, en une gigantesque partie d’échec.
On lui doit, entre autres, les fondations de Sainte-Foy-la-Grande, Villefranche-de-Rouergue, Villefranche-de-Périgord, Villeneuve-sur-Lot, etc.
Pour augmenter ses revenus, Alphonse stimula le commerce en faisant construire des halles à Niort et La Rochelle, mais en profitant aussi de la répression des Cathares en récupérant leurs biens vendus à son profit. Comme source de revenus, il n’oublia pas les Juifs, en les pressurisant de taxes. D’ailleurs, il les avait déjà soumis à une imposition forcée, sous menace d’expulsion, pour financer la croisade de 1248.
Prince mécène, il protégea les poètes dont Rutebeuf.
En 1267, il répondit à l’appel de saint Louis pour la huitième croisade qui partit en 1270 et qui vit la mort du roi. Alphonse, quitta la Terre Sainte avec les débris de l’armée franque. Après un repos chez son frère, Charles Ier d’Anjou, il quitta Messine en juin 1271. Mais épuisé par la maladie, il mourut au château de Corneto près de Sienne. Quatre jours plus tard, sa femme décédait à son tour.
Sa dépouille, après avoir été bouillie, fut amenée jusque Saint-Denis où il ne reste rien de la tombe, en forme d’auge, de celui à qui Rutebeuf avait adressé une complainte et citait comme un modèle de chevalerie. S’il restait de ses ossements à la Révolution, ils furent jetés dans une fosse avant d’être déposés dans l’ossuaire de la basilique en 1817.
Son cœur fut inhumé en l’abbaye de Maubuisson, auprès de sa mère, sous un mausolée de marbre ou de pierre qui a disparu.
Jeanne, elle, fut inhumée en l’abbaye de Gercy (ou Jarcy, actuelle commune de la Varenne-Jarcy dans le Val-d’Oise) qu’elle avait fondée . Sa tombe y fut conservée jusqu’à la Révolution.
A leur mort, le couple n'ayant pas d'enfants, leurs comtés furent rattachés à la couronne. Ce fut donc, Philippe III qui se chargea de faire éléver un tombeau à sa tante par alliance. Du gisant, il ne reste que le masque de la tête exposé au musée de Cluny (Paris).