Prenant très au sérieux son rôle d’impératrice, Eugénie choisit de prendre pour modèle Marie-Antoinette à qui elle vouait un véritable culte. Elle aimait à se parer -ce qui lui valut le surnom de « Falbala Ière »-, était avide de distractions et de villégiatures en cures, ses réceptions étaient somptueuses. Dépensière mais aussi généreuse et soucieuse de soulager les malheureux, à l’occasion de la naissance de son fils, Louis-Napoléon-Bonaparte, elle fonda un orphelinat et une société pour la défense des artisans, obtint le contrôle des asiles et des crèches, etc. On lui doit aussi d’avoir tenté de faire avancer la cause des femmes et de s’être voulu protectrice des arts.
Malheureusement, la postérité retint surtout son opposition à l’intervention en Italie des Français en faveur de l’unité italienne comme son soutien actif à l’affaire du Mexique et le désastre qui suivit.
Malgré les critiques acerbes et les caricatures, Napoléon III et ses ministres faisant confiance à sa fermeté et son énergie souhaitaient sa présence aux conseils. Par deux fois elle fut régente. Mais le conflit franco-prussien de 1870 la condamna à partager la responsabilité de la défaite avec son mari. Pourtant, que n’aurait-elle pas fait pour défendre les intérêts du prince impérial ? A la nouvelle du désastre de Sedan (1er sept. 1870) et à la capture de Napoléon III, elle se retrouva seule aux commandes d’un Empire prêt à exploser. Le 4 septembre 1870, pour échapper à la foule qui réclamait la déchéance, elle s’enfuit et se réfugia en Angleterre pour un très long exil.
Sa demande à Guillaume Ier de Prusse de ne pas démembrer la France en renonçant à l’Alsace resta vaine.
La dernière impératrice des Français survécut longtemps à la mort de son mari et de son fils promenant sa tristesse dans les souvenirs des jours glorieux.
Eugénie revint en Espagne, qu’elle n’avait revue depuis 1879, pour se faire opérer de la cataracte. Toute la haute société espagnole fêta le retour inespéré de la dernière descendante des Montijo. De somptueuses réceptions furent organisées en son honneur. Cette vie mondaine ne paraissait pas fatiguer la vieille dame réjouie de cet accueil.
Son opération réussit et elle faisait encore des projets quand elle rendit son dernier soupir à l’âge de quatre-vingt-quatorze ans au Palais de Liria (Madrid) où on lui rendit des honneurs royaux. Une foule, dense et recueillie se pressait le long des rues qu’emprunta le cortège funèbre jusqu’à la gare où un train spécial attendait le lourd cercueil d'ébène. Selon sa volonté, Eugénie prenait le chemin de l'Angleterre, pour rejoindre la tombe de ses chers disparus en l’église de l’abbaye Saint-Michel de Farnborough construite sur ses terres et desservie par des religieux français.
Aucun représentant officiel du gouvernement français n’assista à ses funérailles. Le drapeau français placé sur le cercueil fut retiré pour être remplacé par l’Union Jack...
Le tombeau de l’impératrice se trouve au-dessus de l’autel de la crypte.