Retiré sur ses terres de Montaigne pour se consacrer désormais à l’étude et à la réflexion, dès 1572 il avait entamé la rédaction des Essais lorsqu’on vint le tirer de sa retraite pour rejoindre l’armée royale du duc de Montpensier lors de la quatrième guerre de religion. Après une mission auprès du Parlement de Bordeaux, il reprit ses lectures et la rédaction de son œuvre dont la première édition parut à Bordeaux en 1580.
La même année, souffrant de la maladie de la pierre, il partit sur les routes d’Europe pour tenter de soigner son mal dans les eaux les plus réputées de France, d’Allemagne et d’Italie.
Apprenant qu’il venait d’être élu maire de Bordeaux (sept. 1581), il rentra avec dans ses bagages un Journal de voyage mais aussi de nombreuses observations et expériences.
Habile diplomate dans ses nouvelles fonctions, il réussit aussi à prévenir une entreprise de la Ligue sur Bordeaux en 1585 année où la ville fut atteinte par une épidémie de peste. Fuyant autant Bordeaux que son domaine de Montaigne avec les siens, le calme retrouvé, il prépara une nouvelle édition des Essais, grossie d’un troisième livre, parue en 1588.
Œuvre sans précédent dans notre littérature, l’auteur y parle de lui-même sans sévérité excessive comme sans forfanterie. Bien que sa sincérité soit faite d’une subtile modestie, elle ne va pas sans quelque orgueil… Mais c’est toute son expérience, ses idées et sa vie qui s’inscrivent dans les Essais au fur et à mesure qu’il les composait. Croyant que « chaque homme porte la forme entière de l’humaine condition » et devenant en cela un exemple sans être donneur de leçons, autant qu’un homme puisse le faire, il s’y analyse avec lucidité offrant juste son modèle de sagesse. Parmi les grands noms que sa réflexion inspira, Pascal, Shakespeare, etc.
Michel de Montaigne envisageait la mort avec sérénité. Après qu’elle l’ait surpris, il fut inhumé en l’église du couvent des Feuillants de Bordeaux où les religieux autorisèrent sa veuve, Françoise de Lachassaigne, à construire un caveau et à ériger un monument. Son cœur resta dans l'église de St-Michel de Montaigne. A l'extérieur une stèle avec médaillon rappelle sa mémoire.