Il entra alors au Nouvel Observateur où il dénonça violemment la déliquescence du pouvoir gaulliste. Mai 68, qu’il considérait comme le « soulèvement de la vie », radicalisa ses positions. Il fréquenta les milieux maoïstes, fonda avec Sartre l'agence de presse Libération puis le quotidien du même nom (1973).
Sachant très bien utiliser les médias au profit de ses idées et des causes qu'il défendait, en décembre 1971, il quitta le plateau de l'émission À armes égales en lançant son fracassant : « Messieurs les censeurs, bonsoir ! » lorsqu’il découvrit que les producteurs de l’émission avaient coupé un passage de son reportage où il évoquait les positions ambiguës du président Georges Pompidou sur la Résistance.
Bien que figure majeure de la contestation et du gauchisme, Clavel affichait aussi des contradictions, que certains qualifient d’ambigüités, puisqu'il soutint les Juifs face aux Palestiniens et condamna, avec le pape Jean Paul II qu'il admirait, l'avortement et la « révolution sexuelle ». Est-ce parce qu’après avoir perdu la foi catholique de son enfance, il l’avait retrouvée 1965 ?
Sa notoriété se renforça encore après l’obtention du prix Médicis (1972) pour son roman Le Tiers des étoiles ou on ne sait pas quel ange (1972).
Séduit par Vézelay, en 1975, il s’installa définitivement avec sa famille dans la petite commune d’Asquins à proximité. Son arrivée dans ce lieu paisible coïncidait avec son éloignement du gauchisme, l'approfondissement de sa foi et son retour à Kant. Il y écrivit Dieu est dieu, nom de Dieu ! (1976), livre qui suscita des réactions autant d'enthousiasme que de rejet haineux.
Maurice Clavel mourut subitement d’une crise cardiaque en plein travail et fut inhumé au cimetière de Vezelay.
Sur sa tombe, un extrait d'un verset de l'Evangile selon saint Luc: « Je te remercie, ô Père, d'avoir caché ces choses aux docteurs et aux sages et de les avoir révélées aux humbles et aux petits. » (Luc., X, 21).