Entre temps, il avait connu les atrocités de la Grande Guerre, la guerre dont il conserva une horreur viscérale et qui resta pour lui le mal absolu. « Voyageur immobile » dans sa maison dominant Manosque, il compléta sa trilogie de Pan en publiant Regain que Marcel Pagnol porta à l’écran. L’image de la guerre s’était suffisamment éloignée pour qu’il puisse l’évoquer, notamment dans Le Grand troupeau (1931). Mais ce fut avec Le Chant du monde (1934) qu’il signa un de ses plus beaux livres, le dernier de sa période heureuse dans laquelle il avait affirmé son pacifisme, sa foi en la nature et en la tradition rurale.
L’industrialisation de la France, la montée des ligues fascistes, l’arrivée d’Hitler au pouvoir et le réarmement de l’Allemagne étaient autant de menaces dont Giono avait conscience. Proche des communistes quelques mois avant de renvoyer dos à dos les systèmes capitaliste et communiste, pacifiste convaincu durant des années, ses efforts pour préserver l’humanité de l’argent-roi, de la technique envahissante, de la défiguration de la nature et de l’expansion des grandes villes durèrent jusqu’à sa mort même s’il les savait vains. Les héros de Que ma joie demeure ou de Batailles dans la montagne combattaient pour la liberté des autres mais aussi pour la sienne. Ses divers ouvrages pacifistes lui valurent d’être arrêté. Libéré, il renonça à toute action politique.
Il amorça alors un long virage de changement d’univers sans pour autant réussir à finir le moindre roman durant la Seconde Guerre mondiale.
Vilipendé par les communistes qu’il a abandonnés, même si ses défenseurs apportent des arguments pour édulcorer son soutien au régime de Vichy, voire le nier, sa position n’en demeure pas moins ambigüe que cela soit par son attitude ou par certains de ses propos bien qu’il soit aussi avéré qu’il ait caché et entretenu des maquisards, des communistes et des juifs.
Arrêté sans même avoir été inculpé pour cause de dossier vide, il fut libéré au début de 1945. Mais pour l’opinion, il était bel et bien à classer parmi les collaborateurs et le Comité national des écrivains l’inscrivit sur sa « liste noire » des écrivains.
Le mépris et la haine allaient alimenter sa création à venir : la nature et les paysages enchanteurs furent relégués au profit d’une humanité complexe et noire.
En 1948, après trois ans d’exclusion, il resurgit sur la scène littéraire avec vigueur. Aimant se renouveler, outre des Chroniques à succès, il publia Le Hussard sur le toit (1951) où il retrouvait sa stature d’un des plus grands écrivains du 20ème siècle.
Il voyagea et s’essaya au récit de voyage puis au compte rendu de procès, à l’étude historique, etc. Passionné pour le cinéma, il se fit scénariste et dialoguiste.
Redevenu casanier pour raison de santé, il revint au roman signant, entre autres, son dernier chef-d’œuvre, L’Iris de Suse.
En 1953, lui fut décerné le Prix littéraire du Prince-Pierre-de-Monaco pour l'ensemble de son œuvre avant d’être élu, l'année suivante, au sein de l'Académie Goncourt.
Ayant atteint une sagesse faite de simplicité et d’ironie, il vit sans peur venir la mort dans sa maison de Manosque.
Tout naturellement, en présence de sa famille, de ses amis et des Manosquins venus lui rendre un dernier hommage, Jean Giono fut inhumé, le 12 octobre 1970, dans le cimetière de Manosque. Sous un olivier, la tombe familiale est la plus célèbre du lieu.