Fort de son constat, il commença à développer les premiers principes sur lesquels il bâtira plus tard sa méthode et se rapprocha d’un médecin nancéen, le docteur Ambroise-Auguste Liébeault, qui obtenait des résultats surprenants grâce à la pratique de l’hypnose. Passionné par cette discipline relativement nouvelle fondée sur l'efficacité de la suggestion verbale, il étudia également les travaux du professeur Hippolyte Bernheim dans lesquels il trouva la confirmation des principes qu’il pressentait et expérimentait.
Au fur et à mesure qu’il approfondissait son champ de connaissances, sa méthode se précisait. A l'usage de l'hypnose autoritaire et directive, il préféra l’appel à la suggestion consciente et méthodiquement conduite d'idées positives ; sa formule, à répéter vingt fois le matin et vingt fois le soir, en vue de conditionner l’imagination de manière favorable, était simple : « Tous les jours, à tout point de vue, je vais de mieux en mieux. » Le principe de l’autosuggestion méthodique venait de naître.
En 1910, il s’établit à Nancy où, dans sa résidence, il fonda une « clinique libre » où il recevait gracieusement ses patients lors de séances individuelles ou collectives. Sa réputation lui valut une grande affluence de toutes les couches de la société.
En 1913, Charles Baudouin, alors jeune licencié en philosophie, s’intéressa à ses travaux et contribua à le rendre célèbre. Associés, ils fondèrent l’École lorraine de psychologie appliquée. Son ouvrage, La Maîtrise de soi par l’autosuggestion, connut un succès retentissant et fut traduit en plusieurs langues.
Appelé à donner des conférences agrémentées de séances face au public en France, en Europe et aux Etats-Unis, ce furent bientôt des patients venus du monde entier qu’il recevait sans relâche à Nancy jusqu’à l’épuisement.
Il mourut des suites d’une pneumonie. Evidemment, les critiques et reproches envers sa théorie, regardée comme sommaire, ne manquèrent pas. Sa notoriété internationale n’empêcha pas son œuvre de sombrer presque dans l’oubli après sa mort avant qu’il ne soit considéré comme l’un des pionniers de la psychologie comportementale et de la pensée positive.
Emile Coué avait épousé Lucie Lemoine (1858-1954), la fille de l’horticulteur Victor Lemoine. C’est ainsi qu’il fut inhumé dans la sépulture de sa belle-famille sur laquelle son œuvre est modestement rappelée.