Mais avec la mort de Sévère Alexandre, la communauté chrétienne allait de nouveau connaître une période difficile. Son successeur, Maximin de Thrace, reprenant les persécutions, fit déporter dans les mines de Sardaigne tous ceux qu’il estimait être ses chefs à commencer par Pontien et Hippolyte.
Afin de permettre à un successeur d'assumer la direction de l'Église le plus tôt possible, Pontien préféra abdiquer le 28 septembre 235, qui est la date la plus ancienne de l’histoire des papes connue avec certitude.
Il mourut un mois plus tard probablement des suites de mauvais traitements. Mais, avant de disparaitre, il se réconcilia avec son ancien adversaire et engagea les fidèles à rétablir l'unité de l'Église déjà mise à mal.
En 236 ou 237, le pape Fabien fit ramener à Rome son corps et celui d’Hippolyte.
Pontien fut inhumé dans les catacombes de Calixte dans une crypte récemment achevée et qui devint le caveau collectif d’office des papes jusque Caïus en 296.
En 1909, on y retrouva une pierre tombale portant son nom et sa fonction en grec : ΠΟΝΤΙΑΝΟΣ ΕΠΙΚ [ΟΠΟΣ].
Il est le premier évêque de Rome dont on possède les preuves de sa mort en martyr.